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标题: 求应力应变结构拉伸脚本 [打印本页]
作者
Author: mylifecg    时间: 2017-4-19 20:57
标题: 求应力应变结构拉伸脚本
如题，为提高 工作效率，又由于个人程序方面不才，特此向各位高手求助力学拉伸程序。不胜感激！
作者
Author: ggdh    时间: 2017-4-19 22:18
你这个问题不详细啊。
作者
Author: sobereva    时间: 2017-4-19 22:30
至少也得把用的程序写明了，要从答疑者的角度去思考需要提供什么信息，尤其是脚本这直接牵扯到计算程序，没有细节没法回答
作者
Author: mylifecg    时间: 2017-4-20 09:34
不好意思，补充一下我的求助细节啊：
我是想对二维材料进行某个方向的拉伸，比如沿着x方向拉伸，就要实现晶格常数的逐步增大（比如每一步增加1%），且下一步应变需要用到上一步的输出CONTCAR文件作为下一步的POSCAR输入文件。每一步计算都要输出一个一个文件夹为保存此步的计算结构。比如对应1%的拉伸可输出一个命名为1的文件夹，包含了此步拉伸的计算结果。2%拉伸的计算结果可输入一个命名为2的文件夹，包含了此步拉伸的计算结果。2%的拉伸实在1%拉伸的基础上实现的。所以要用到1计算的结果文件CONTCAR再继续拉伸。
作者
Author: 万里云    时间: 2017-4-20 11:57
这个问题最棘手的部分是生成不同的POSCAR。POSCAR中原子坐标不变，只根据一套公式改变基矢。

麻烦就在这改变基矢上了。拉伸还行，压缩有个负号-，而-在Shell中又有其它用途，导致程序稳定性堪忧。

据个人经验，先用Matlab把POSCAR做好，再逐个计算最好。Shell的计算能力实在着急。

贴个用QuantumESPRESSO优化不同应变下结构的脚本：

  1. #! /bin/bash

  3. runjob()
  4. {
  5.         local a1x=$(echo $a      | awk '{printf "%14.9f", $1/2}')
  6.         local a1y=$(echo $a $ita | awk '{printf "%14.9f", (1-$2)/2*sqrt(3)*$1}')
  7.         local a2x=$(echo $a      | awk '{printf "%14.9f", -$1/2}')
  8.         local a2y=$(echo $a $ita | awk '{printf "%14.9f", (1-$2)/2*sqrt(3)*$1}')
  9.         cat > $ita.in << EOF
  10. &CONTROL
  11.     prefix           = '$ita'
  12.     calculation      = 'relax'
  13.     restart_mode     = 'from_scratch'
  14.     pseudo_dir       = './'
  15.     outdir           = './'
  16.     wfcdir           = './'
  17.     verbosity        = 'high'
  18.     wf_collect       = .TRUE.
  19.     nstep            = 250
  20.     etot_conv_thr    = 7.3d-6
  21.     forc_conv_thr    = 3.8d-4
  22.     tprnfor          = .TRUE.
  23. /
  24. &SYSTEM
  25.     ibrav            = 0
  26.     celldm(1)        = 1.889726125
  27.     ntyp             = 2
  28.     nat              = 2
  29.     ecutwfc          = 70
  30.     nbnd             = 16
  31.     occupations      = 'smearing'
  32.     smearing         = 'gaussian'
  33.     degauss          = 0.005
  34. /
  35. &ELECTRONS
  36.     electron_maxstep = 250
  37.     conv_thr         = 1.0d-8
  38.     mixing_mode      = 'plain'
  39.     mixing_beta      = 0.7
  40.     mixing_ndim      = 8
  41.     diagonalization  = 'david'
  42.     diago_david_ndim = 4
  43. /
  44. &IONS
  45.     ion_dynamics     = 'bfgs'
  46. /
  47. ATOMIC_SPECIES
  48.    A   1.0   A.pbe-mt_fhi.UPF
  49.    B   2.0   B.pbe-mt_fhi.UPF
  50. CELL_PARAMETERS {alat}
  51. $a1x$a1y   0.000000000
  52. $a2x$a2y   0.000000000
  53.    0.000000000   0.000000000  20.500000000
  54. ATOMIC_POSITIONS {crystal}
  55.    B   0.333334671   0.333334671   0.431781565
  56.    A   0.666665091   0.666665091   0.369744698
  57. K_POINTS {automatic}
  58. 12 12 1 0 0 0
  59. EOF
  60.         $MPIRUN pw.x -in $ita.in &> $ita.out
  61.         wait
  62.         rm -r *.save
  63.         wait
  64. }

  66. ncore=20
  67. MPIRUN="mpirun -np $ncore"
  68. topdir=$(pwd)
  69. a=4.055466757
  70. for ita in $(seq 0.0 0.005 0.03); do
  71.         runjob
  72. done
复制代码
作者
Author: mylifecg    时间: 2017-4-21 08:18
万里云 发表于 2017-4-20 11:57
这个问题最棘手的部分是生成不同的POSCAR。POSCAR中原子坐标不变，只根据一套公式改变基矢。

麻烦就在这 ...

十分感谢您的回复。
作者
Author: ggdh    时间: 2017-4-21 11:39
mylifecg 发表于 2017-4-20 09:34
不好意思，补充一下我的求助细节啊：
我是想对二维材料进行某个方向的拉伸，比如沿着x方向拉伸，就要实现 ...

为啥不一次把各种百分比的都拉伸好，在分别算。你这样串行算效率多低啊？



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