计算化学公社
标题:
怎样利用已经得到的xtc文件计算水分子旋转速度的分布?
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作者Author:
guolong111
时间:
2017-4-12 16:55
标题:
怎样利用已经得到的xtc文件计算水分子旋转速度的分布?
我按照这个帖子
碳纳米管的Gromacs模拟方法
中的做法完成了水合碳纳米管的298K的模拟。
但是我想知道碳纳米管对水分子自由旋转的影响。这里有xtc文件生成。
例如一开始某个水分子两个氢原子之间连出一个向量,这个向量和竖直方向的夹角的余弦表示为cosA,过一段时间t之后,这个向量和竖直方向夹角的余弦为cos(A(t))。
我想得到一个函数f=∑cosA(t),我应该怎么做?每一个水分子应该都有个f,我一共有1144个水分子。
作者Author:
sobereva
时间:
2017-4-12 18:29
你是指写程序上的问题?还是算法问题?
rotacf可以计算转动自相关函数,traj可以绘制转动能,也许你也用得着。
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