计算化学公社

标题: 求助利用gmx_mmpbsa.bsh比较两种COF疏水性 [打印本页]

作者
Author: njust-lbc 时间: yesterday 17:43
标题: 求助利用gmx_mmpbsa.bsh比较两种COF疏水性
请问老师，我用Gromacs对两种COF在水溶液中跑了分子动力学。现在想比较这两种COF的疏水性。我现在想的是利用李继存老师的gmx_mmpbsa.bsh，将其中蛋白索引组和配体索引组分别设为我的COF和溶剂，然后比较PB+SA来比较疏水性。不知这样是否合理。

作者
Author: sobereva 时间: 6 hour ago
完全是走弯路
MMPBSA方法是算结合自由能用的。如果只需要获得溶解自由能中的SA部分，带着隐式溶剂模型跑一下当前体系就完了，直接就会给你SA项的贡献，根本不需要利用任何额外的工具

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)