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标题: 求助使用gmx rdf计算的径向分布函数最后不趋近于1 [打印本页]

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Author: 。。。 时间: 前天 20:54
标题: 求助使用gmx rdf计算的径向分布函数最后不趋近于1
各位老师好，我的体系是一个立方体的盒子，边长为3.8×3.5×6，然后体系中有6层的COF和8个Hgcl2,剩余用水分子填满，体系中有72个S和8个Hg，总原子数为7461，然后我现在对跑的轨迹进行分析，我设想的是Hg会和COF骨架中的-SCH3中的S原子作用，所以我考虑想通过径向分布函数还证明。但是我使用gmx rdf得到的Hg-S之间的RDF，不仅最后不会趋近于1，而且感觉变化趋势也怪怪的，我尝试用vmd，但是结果也类似。想请教各位老师，我的RDF图是否是错误的，或者想得到Hg和S之间存在作用可以用其他更好地方式去验证吗？
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Author: sobereva 时间: yesterday 06:32
根本没必要强行要求收敛到1，对于判断是否存在较近距离的Hg...S的接触，直接看rdf相应距离有没有峰就够了

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Author: 。。。 时间: yesterday 10:52

sobereva 发表于 2025-8-21 06:32
根本没必要强行要求收敛到1，对于判断是否存在较近距离的Hg...S的接触，直接看rdf相应距离有没有峰就够了

好的，社长。我去看来一下发现RDF第一个峰对应的distance为0.33nm,而高斯中Hg-S键键长大约为0.25nm,那是不是说明其实Hg和S之间并没有成键呀，但是RDF中存在的峰能说明Hg和S之间存在比较强的相互作用吗

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Author: sobereva 时间: 6 hour ago

。。。发表于 2025-8-21 10:52
好的，社长。我去看来一下发现RDF第一个峰对应的distance为0.33nm,而高斯中Hg-S键键长大约为0.25nm,那是 ...

“高斯中Hg-S键键长”语义不明，Gaussian程序又不会直接对应于一个键长，键长依赖于优化用的级别、具体体系

如果Hg会和S形成化学键，记住gromacs不支持反应力场，没法描述化学键的形成，要在动力学过程中描述Hg-S键生成的可能性建议用CP2K跑AIMD

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