标题: nvt平衡成功，但是运行就停止 [打印本页] 作者Author: moiraaa 时间: 前天 16:27 标题: nvt平衡成功，但是运行就停止 能量最小化已经成功了，没有报错和警告，nvt平衡时也是这样，但是到了mdrun 时就停止了，我是把原来的2fs的步长改成了1fs，跑到了23步，不然之前只是跑了1步
后来我把约束改成了SHAKE，依然是停止（还是1fs）
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
上传 Uploaded
点击下载Click to download
停止是step 16: One or more water molecules can not be settled.Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.Wrote pdb files with previous and current coordinates
我的体系是水凝胶和MB，5个水凝胶和20个MB，9nm的盒子，都是用gromacs生成是，两个分子的itp文件是用autoff生成的，力场是oplsaa的，用了resp电荷 作者Author: 方方方 时间: 前天 18:50
报错很明显，扭转角度过大，要不试试用更小的时间步长，要不就是把结构弄更松一些作者Author: student0618 时间: 前天 20:15
看轨迹是哪个分子先出问题。作者Author: sobereva 时间: yesterday 06:13
老生常谈的问题， 仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8