计算化学公社

标题: 求助：分子残基不在残基拓扑数据库中怎么办 [打印本页]

作者
Author: 叶落 时间: 3 day ago
标题: 求助：分子残基不在残基拓扑数据库中怎么办
在GROMACS中使用了GROMOS 53a6力场， (, 下载次数 Times of downloads: 0) 运行之后，显示在残基拓扑数据库中未找到残基'MOL，该怎么解决？

作者
Author: 含光君 时间: 3 day ago
提问前先仔细阅读《在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整》http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 前天 02:36
别把英文提示用机器翻译成中文贴出来，纯属添乱

认真看楼上提到的我的帖子，你当前在干什么都必须完整交代清楚。倘若你是在用pdb2gmx，说明rtp里没定义叫MOL的残基信息。搞清楚pdb2gmx的基本运作机制、用处再去用，别稀里糊涂当黑箱用。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）非常系统完整讲了GROMACS，学一遍就彻底全明白了。其中专门说了pdb2gmx的基本知识和用法，参考其中的幻灯片

(, 下载次数 Times of downloads: 1)

如果MOL是个小分子，十分推荐用sobtop产生拓扑文件，看主页http://sobereva.com/soft/Sobtop和下文
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）
北京科音分子动力学与GROMACS培训班给了基于sobtop产生拓扑文件的大量的模拟例子。

作者
Author: 叶落 时间: yesterday 15:45

含光君发表于 2025-8-19 22:54
提问前先仔细阅读《在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整》http://b ...

感谢回复，我是个新手

作者
Author: 叶落 时间: yesterday 15:47

sobereva 发表于 2025-8-20 02:36
别把英文提示用机器翻译成中文贴出来，纯属添乱

认真看楼上提到的我的帖子，你当前在干什么都必须完整交 ...

感谢，第一次用GROMACS，之前没系统学习过，我好好看一下

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