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标题: 求助：模拟凝胶的力场选择问题与文献求助 [打印本页]

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Author: oillio 时间: 4 day ago
标题: 求助：模拟凝胶的力场选择问题与文献求助
想请教一下大家，在GROMACS中模拟有机分子自组装形成水凝胶选择哪种力场最佳？如果可以各位老师能否推荐一些文献？谢谢各位老师。

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Author: Graphite 时间: 4 day ago
一般有机物GAFF/GAFF2就行了，电荷RESP/RESP2(0.5)，用sobtop或AutoFF一会儿就弄好了。

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Author: sobereva 时间: 3 day ago
普通有机分子建议默认用GAFF或GAFF2，非常流行，描述质量好，与之兼容的其它力场非常多，而且用http://sobereva.com/soft/Sobtop创建拓扑文件非常方便，而且有标配、易于计算的原子电荷计算模型RESP/RESP2(0.5)：
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

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Author: oillio 时间: 前天 10:46

sobereva 发表于 2025-8-19 08:00
普通有机分子建议默认用GAFF或GAFF2，非常流行，描述质量好，与之兼容的其它力场非常多，而且用http://sobe ...

老师，那么请问如果自组装体系中涉及水的话，除了opc水模型，用spce水模型可以吗？

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Author: sobereva 时间: yesterday 03:07

oillio 发表于 2025-8-20 10:46
老师，那么请问如果自组装体系中涉及水的话，除了opc水模型，用spce水模型可以吗？

可以
本身此时水就是用来体现外环境而已，不需要对水的性质本身描述得多精确，SPC/E通常足矣

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