标题: 能量最小化报错：原子数量不匹配 [打印本页] 作者Author: moiraaa 时间: 4 day ago 标题: 能量最小化报错：原子数量不匹配 各位老师好，想请教一个问题，我是先用packmol生成一个盒子，里面是20个MB和5个水凝胶，然后用LigParGen在OPLS-AA力场上用生成的MB和水凝胶的itp文件,我数了top文件是1200个原子而盒子的gro文件是1185，但是我不知道为什么数量不相符，同时还有一个问题，我看我的盒子的gro文件和top文件的原子顺序不相符，但是我不知道怎么调整。本人新手小白，恳请各位老师多多指教
作者Author: pal 时间: 4 day ago
检查一下packmol用的结构文件和生成立场用的结构文件是否对应（原子排序和原子数目）作者Author: moiraaa 时间: 4 day ago 本帖最后由 moiraaa 于 2025-8-18 18:10 编辑