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标题: Gromacs模拟几百个含有长烷基链的分子，求助constraints的选择 [打印本页]

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Author: lts！ 时间: 2025-8-17 22:29
标题: Gromacs模拟几百个含有长烷基链的分子，求助constraints的选择
像这种含有长烷基链的分子，我要模拟几百个这样的分子的聚集状态，步长需要用1fs，需要加h-bonds约束吗，h-bonds约束一般都要加吗？
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Author: sobereva 时间: 7 day ago
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Gromacs constraints选择” 改了，以后务必注意

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Author: sobereva 时间: 7 day ago
hbonds方式的约束是给>=2 fs步长才用的。1 fs不需要用，虽然用了也没明显坏处。
如果追求模拟效率，这种体系建议用2 fs步长

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Author: lts！ 时间: 7 day ago

sobereva 发表于 2025-8-18 05:45
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的老师！谢谢提醒！

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Author: lts！ 时间: 7 day ago

sobereva 发表于 2025-8-18 05:46
hbonds方式的约束是给>=2 fs步长才用的。1 fs不需要用，虽然用了也没明显坏处。
如果追求模拟效率，这种体 ...

哦哦，原来hbonds约束是这样的出发点

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