计算化学公社

标题: 求助：一有机物的水溶液模拟，最小化过程最大受力不收敛 [打印本页]

作者
Author: oillio 时间: 7 day ago
标题: 求助：一有机物的水溶液模拟，最小化过程最大受力不收敛
各位老师好，我在进行一有机物的水溶液模拟。依次将有机物与水插到盒子中后进行最小化，最大受力总是不能收敛，不知问题出在哪里，想请教一下各位老师。下面是我的拓扑文件。 (, 下载次数 Times of downloads: 2)
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: oillio 时间: 7 day ago
此外，烦请老师帮我检查一下我的拓扑文件是否正确。我直接将opc的参数加到了C14A3.itp中的atomtypes，并没有加在amber力场的forcefield.itp中。

用spce水模型就没问题，用opc就会不收敛。我也尝试分开模拟opc和C14A3，都能正常进行，混合在一起就不知是哪里出了问题。

作者
Author: sobereva 时间: 6 day ago
没OPC模拟时对应的体系结构文件没法说，倘若里面的水分子和opc.itp描述的不对应，或者结构文件与top不对应，自然会异常

作者
Author: oillio 时间: 6 day ago
(, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: oillio 时间: 6 day ago

sobereva 发表于 2025-8-16 04:18
没OPC模拟时对应的体系结构文件没法说，倘若里面的水分子和opc.itp描述的不对应，或者结构文件与top不对应 ...

老师我已上传结构文件压缩包中的是混合后的体系结构文件如有问题还请您帮我指正一下

作者
Author: sobereva 时间: 5 day ago
注意grompp产生的所有提示，如有明显问题往往在这个阶段就会提示
也可以尝试把SPC/E下跑平衡的结构用脚本切换成四点水模型，然后结合OPC.itp去跑，而不是从初始结构开始就用OPC跑

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)