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标题: ORmagiCA : 让GaussView和ORCA完美集成的桌面助手 [打印本页]
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Author: Accelerator    时间: 2025-8-14 22:55
标题: ORmagiCA : 让GaussView和ORCA完美集成的桌面助手
本帖最后由 Accelerator 于 2025-8-14 23:10 编辑

由于免费、高效的特性且支持大量先进方法，ORCA日渐成为了量子化学研究中不可或缺的工具。尽管ORCA的输入输出文件结构并不复杂，但由于缺乏一款杀手级的图形化工具，使用ORCA的工作流仍然让人疲惫，经常需要在不同软件之间来回切换、不得不反复复制提取各种文本信息。Sobereva开发了OfakeG（OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元），可以将ORCA输出文件转换为Gaussian的.log文件格式，从而让GaussView读取；但手动调用OfakeG、用GaussView打开生成的.log文件的多步操作仍然繁琐，而且在GaussView里建立好模型后想转化成ORCA输入文件仍然要手动复制坐标。
ORmagiCA的作用就是彻底打通工作流，让用户能够用GaussView一个软件搞定大部分与ORCA相关的操作，使用户获得如同用GaussView处理Gaussian输入输出文件一样的畅快感受。
ORmagiCA是一个基于Autohotkey 2的桌面助手。在安装Autohotkey 2后，双击ORmagiCA.ahk文件即自动在后台运行。我们也可以把它加入到启动项中。

1. 初次使用的设置
ORmagiCA需要调用GaussView和OfakeG的可执行文件。初次使用时，需要先设置它们的位置；随后，它会生成一个ORmagiCA_settings.ini文件记录设置信息，以后就会自动读取。
设置方法为：
首先打开GaussView，然后按下组合键Ctrl+Shift+D，召唤设置对话框。然后将相应路径填写进去即可。当鼠标点击别的地方时，这个对话框自动隐藏，随时可以通过相同方法召唤。这个组合键仅在GaussView激活时生效，不会影响到其他程序。

在路径下方，还有一个“关键字预设”列表，在第（4）部分会介绍。
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2. 载入ORCA输入/输出文件在资源管理器中选中ORCA输出文件（.out）或输入文件（.inp），按下组合键Ctrl+Shift+G，ORmagiCA就会被唤醒。
这些转换过程都会在当前目录首先生成一个以_fake.gjf或_fake.log结尾的中间文件，等待GaussView打开后自动删除。

无论是.inp还是.out文件，ORmagiCA都会识别其中的电荷、自旋多重度、nprocs并行设置、memory内存设置（自动换算成Gaussian的%memory）、关键字（以!开头）、其他以%开头的选项。由于GaussView无法预览带有斜线的关键字，诸如def2-SVP/C等中的斜线会被替换成问号。以%开头的选项会被统一放在“Additional Input”里。
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3. 保存ORCA输入文件
当且仅当正在打开的窗口是GaussView时，ORmagiCA会重载组合键Ctrl+Shift+S，用于将当前分子保存成ORCA输入文件（.inp）。按下这一组合键，选择文件名（以.gjf结尾）后，GaussView保存.gjf文件，ORmagiCA随即介入，将其转化为同名.inp文件，并删除中间体.gjf文件。这一转化相当于（2）中读取过程的逆过程：电荷、自旋多重度、nprocs、maxcore、关键字写法等都会自动转换。

4. 关键字预设
ORmagiCA的一个特色功能是关键字预设。
按下组合键Ctrl+Shift+D召唤设置对话框，底部的ORCA关键字列表带有一个默认值“No change”。选择此项，则保存输入文件时遵循（3）中的逻辑，关键字与GaussView内预览的相同。
我们经常需要将opt freq的最终构型转化为带有特定关键字的进一步任务，关键字预设就是为了应对这种场合。通过最底部的文本框添加关键字，在列表中选中，然后在别的地方点击一下隐藏掉设置窗口，接下来保存.inp文件时，无论GaussView内预览的关键字是什么，保存出来的都会是在设置窗口里选中的关键字。
当然，如果你想切换回默认模式，可以随时将选择项改成“No change”。

这些设置同样会保存在ORmagiCA_settings.ini里，不需要每次启动时都输入。
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5. 引用
如果你的工作流中使用了ORmagiCA，欢迎引用Github页面：

Yumiao Ma. KST48: ORmagiCA: A desktop helper to adapt GaussView with ORCA. https://github.com/RimoAccelerator/ORmagiCA, accessed on xxxx.xx.xx.

本介绍首先发表在SCI-LIB论坛（https://sci-lib.club/）上，欢迎大家有空来玩。




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Author: Accelerator    时间: 6 day ago
录了个使用过程的视频：https://www.bilibili.com/video/BV1pAb4zTE4o
20250816 支持选中多个文件并批量打开。结合关键字预设功能，建立模型生成输入文件-查看opt freq结果-生成单点一气呵成，操作过程是非常减压的。
作者
Author: changyuCao    时间: 4 day ago
成功安装后试了一下会报错，不知是什么原因
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Author: Accelerator    时间: 4 day ago
changyuCao 发表于 2025-8-18 10:15
成功安装后试了一下会报错，不知是什么原因

路径里有中文吧。暂时不打算对含中文路径进行适配。
作者
Author: changyuCao    时间: 4 day ago
似乎跟路径没关系，两个软件也是正常在工作
作者
Author: Accelerator    时间: 4 day ago
changyuCao 发表于 2025-8-18 11:17
似乎跟路径没关系，两个软件也是正常在工作

检查要处理的文件的路径，即对话框里的乱码部分
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Author: 量化小王子    时间: 4 day ago
changyuCao 发表于 2025-8-18 11:17
似乎跟路径没关系，两个软件也是正常在工作

看看你的桌面文件夹的路径吧，肯定不合适
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Author: spinel    时间: 4 day ago
本帖最后由 spinel 于 2025-8-18 16:27 编辑

老师您好，我在使用的时候遇到如下问题。1.如果选中inp文件，按下Ctrl+Shift+G，gaussview可以正常打开，但是界面不显示结构。2.如果选中out文件，按下按下Ctrl+Shift+G，会报错，无法正常打开。但是如果先打开gaussview，再选中out文件，按下按下Ctrl+Shift+G，输出文件可以被正常加载。这是什么原因呢？我的报错可能和三楼类似，但是我已经确认所有路径都不含中文
作者
Author: Accelerator    时间: 4 day ago
spinel 发表于 2025-8-18 13:20
老师您好，我在使用的时候遇到如下问题。1.如果选中inp文件，按下Ctrl+Shift+G，gaussview可以正常打开，但 ...

你是不是在电脑上只装了GaussView而没有安装Gaussian，因此GaussView首次启动时会先弹出两个对话框提示没找到Gaussian，然后你点击确定，就会发生报错？（我知道这种情况因为在我的电脑上也是）
这是因为在调用GaussView的同时，程序会在一定延迟时间之后删除临时gjf或log文件。因此，如果是初次启动GaussView，弹出对话框、用户解决的这段时间内程序已经把临时文件删了，就会报错找不到文件。而如果眼疾手快迅速点掉这两个对话框，就能够正常打开。而如果你已经启动了GaussView，则不会出现这个问题。
这个现象我暂时不打算修，因为用户在工作过程的绝大多数时间内GaussView应该都会开着，所以只要用户知道这件事是怎么引起的，就不会被它困扰了。
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Author: spinel    时间: 4 day ago
Accelerator 发表于 2025-8-18 18:35
你是不是在电脑上只装了GaussView而没有安装Gaussian，因此GaussView首次启动时会先弹出两个对话框提示没 ...

老师，我的电脑上gaussian和gaussview都安装了，目前是不论是否gaussview已经打开，都无法正常加载输入文件，输出文件在gaussview打开时可以正常加载。
作者
Author: Accelerator    时间: 4 day ago
本帖最后由 Accelerator 于 2025-8-18 21:20 编辑
spinel 发表于 2025-8-18 18:52
老师，我的电脑上gaussian和gaussview都安装了，目前是不论是否gaussview已经打开，都无法正常加载输入文 ...

盲猜有可能是因为某些原因涉及到由Autohotkey生成新文件的步骤被block了。
对着.inp按下Ctrl+Shift+G的同时，观察资源管理器，正常情况下会观察到先生成一个以_fake.gjf结尾的文件并被GaussView打开，接着在一秒左右后这个.gjf文件被删除。你看一下gjf文件有正常生成吗？
类似地，保存.inp文件时，会先生成一个.gjf文件，然后在一秒左右.gjf文件删除，生成.inp文件。这个过程你能正常实现吗？

另外你可以试试先把右下角AHK关掉，然后用管理员权限运行这个由相同AHK脚本编译成的可执行文件，看情况是否一致。
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作者
Author: spinel    时间: 4 day ago
Accelerator 发表于 2025-8-18 19:26
盲猜有可能是因为某些原因涉及到由Autohotkey生成新文件的步骤被block了。
对着.inp按下Ctrl+Shift+G的 ...

老师，我这边有fake.gjf结尾的高斯文件，一秒左右后也会删除，我延长了删除的时间，然后打开这个gjf，里面关键词都正常，没有分子的坐标文件。更换为您提供的ORmagiCA.exe文件后也是一样的情况
作者
Author: Accelerator    时间: 4 day ago
spinel 发表于 2025-8-18 19:48
老师，我这边有fake.gjf结尾的高斯文件，一秒左右后也会删除，我延长了删除的时间，然后打开这个gjf，里 ...

把你的inp文件发来？
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Author: spinel    时间: 4 day ago
Accelerator 发表于 2025-8-18 20:27
把你的inp文件发来？

老师，附件中是我的inp文件

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Author: Accelerator    时间: 4 day ago
spinel 发表于 2025-8-18 20:35
老师，附件中是我的inp文件

我知道了。原因很简单：我习惯使用的inp文件里坐标开头是*xyz，没有空格。现在Github上的最新版本（包括release里的.exe文件）里已经加入了改进兼容性的支持（同时也改进了读取以%开头设置的部分），已经可以正确识别这个inp文件了。
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Author: spinel    时间: 4 day ago
Accelerator 发表于 2025-8-18 21:19
我知道了。原因很简单：我习惯使用的inp文件里坐标开头是*xyz，没有空格。现在Github上的最新版本（包括r ...

感谢老师，我使用最新版本目前可以正常运行了



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