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标题: 设置了碳纳米管的周期性，为什么聚合物还是会跑到碳管内部？ [打印本页]

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Author: NGC626 时间: 2025-8-14 22:05
标题: 设置了碳纳米管的周期性，为什么聚合物还是会跑到碳管内部？
本帖最后由 NGC626 于 2025-8-14 22:07 编辑

各位老师好，我在模拟碳纳米管和聚合物吸附的动力学过程时，对碳管设置了周期性，但是在动力学过程后，聚合物仍然会跑到碳管内部，请问是mdp文件中的设置没有生效吗？如果不是的话，请问可能是什么原因导致的呢？体系中有两根碳管，一根弛豫，另一根是完全放开的，分别用AA和BB表示。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-14 22:11
我没时间具体看这些文件。跑到碳管内部，要么是盒子尺寸不对，导致纳米管实际上不是周期性的，聚合物从两端进入了。VMD里把盒子显示出来看轨迹便知
要么是初始结构本来聚合物就在盒子里
要么是LJ参数不对，导致纳米管没表现出对聚合物位阻作用
没什么其它可能了

作者
Author: NGC626 时间: 2025-8-14 22:20
本帖最后由 NGC626 于 2025-8-14 22:29 编辑

sobereva 发表于 2025-8-14 22:11
我没时间具体看这些文件。跑到碳管内部，要么是盒子尺寸不对，导致纳米管实际上不是周期性的，聚合物从两端 ...

谢谢sob老师回复，在初始建模的时候，聚合物没有摆放在在碳管中，各分子的拓扑文件也是利用sobtop生成，力场参数应该也没有问题，动力学轨迹里显示，在0.5ns的时候，聚合物的支链就进入了碳管内，体系中的碳管长度大约是2nm，之前看到您的这条回复(盒子尺寸)，所以我把盒子的尺寸设得比较大，是7*7*8，请问需要把盒子的尺寸改小一点吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-14 22:43

NGC626 发表于 2025-8-14 22:20
谢谢sob老师回复，在初始建模的时候，聚合物没有摆放在在碳管中，各分子的拓扑文件也是利用sobtop生成， ...

显然这么大盒子会导致这是有限长度的纳米管片段，而不是无限长度的周期性纳米管
顺着纳米管方向的盒子必须和纳米管尺寸一致

作者
Author: NGC626 时间: 2025-8-14 22:59

sobereva 发表于 2025-8-14 22:43
显然这么大盒子会导致这是有限长度的纳米管片段，而不是无限长度的周期性纳米管
顺着纳米管方向的盒子必 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: NGC626 时间: 7 day ago
本帖最后由 NGC626 于 2025-8-15 21:29 编辑

sobereva 发表于 2025-8-14 22:43
显然这么大盒子会导致这是有限长度的纳米管片段，而不是无限长度的周期性纳米管
顺着纳米管方向的盒子必 ...

sob老师好，我对碳纳米管和聚合物吸附的体系做动力学模拟时发现，在对碳管设置了周期性后，如果冻结碳管的话，聚合物不会跑到碳管的内部；如果放开碳管的话，聚合物则会跑到碳管的内部，请问这样的现象正常吗？请问是否是因为放开的时候，周期性的设置不会生效呢？

作者
Author: sobereva 时间: 6 day ago

NGC626 发表于 2025-8-15 21:25
sob老师好，我对碳纳米管和聚合物吸附的体系做动力学模拟时发现，在对碳管设置了周期性后，如果冻结碳管 ...

VMD里显示出盒子，从头到尾观看轨迹了解分子是怎么运动的，自然就知道怎么回事了

作者
Author: NGC626 时间: 6 day ago
本帖最后由 NGC626 于 2025-8-16 14:26 编辑

sobereva 发表于 2025-8-16 02:35
VMD里显示出盒子，从头到尾观看轨迹了解分子是怎么运动的，自然就知道怎么回事了

谢谢sob老师，我仔细查看了各分子的运动轨迹，发现碳管在运动的时候，当它开始在盒子里倾斜，也就是它的长度远小于某一条边的时候，就会有小分子进入内部，而如果碳管固定不动，也就是其长度方向一直和盒子最短的那条边平行的时候，小分子就没法进去，请问这是因为运动导致碳管在盒子内的某个方向上变成有限长度了吗？

作者
Author: sobereva 时间: 5 day ago

NGC626 发表于 2025-8-16 14:14
谢谢sob老师，我仔细查看了各分子的运动轨迹，发现碳管在运动的时候，当它开始在盒子里倾斜，也就是它的 ...

根据你的描述，貌似是盒子尺寸不对，或者没用periodic-molecule=yes，或者bond项描述的拓扑关系本身就不对，导致gromacs没考虑跨盒子的C-C键，因此纳米管才会像孤立分子一样自发旋转

PS: 如果参加过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的话，仔细看里面“纳米球、管、板的模拟” 部分的讲解和例子，了解怎么正确模拟跨盒子的无限延展的体系

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