计算化学公社

标题: 求助：小分子RMSD曲线跳跃 [打印本页]

作者
Author: crush 时间: yesterday 09:27
标题: 求助：小分子RMSD曲线跳跃
我使用Gromacs模拟了50ns的蛋白小分子复合物，任务正常结束后计算体系的RMSD，蛋白的RMSD还算平稳，但是小分子的RMSD发生了跳跃，我用 -pbc nojump 和 mol 都试了之后小分子的RMSD依然是跳跃，看了轨迹之后，只有小分子中靠近溶剂区域的环己烷构象变化较大，但是一个环的变化会导致这种RMSD跳跃吗？还是说轨迹没有处理好呢（RMSD计算时参考的是第一帧）
(, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: sobereva 时间: yesterday 20:33
认真看下文里RMSD部分，该说的都说了。结合VMD显示的轨迹图像看，显示出盒子，自然知道怎么回事
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: crush 时间: 11 hour ago

sobereva 发表于 2025-8-14 20:33
认真看下文里RMSD部分，该说的都说了。结合VMD显示的轨迹图像看，显示出盒子，自然知道怎么回事
谈谈怎么 ...

好的，谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)