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标题: 求助，使用GROMACS模拟疏水力的时候，模拟作用程和试验差别很大，审稿人问这个怎么回 [打印本页]

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Author: ljs 时间: 前天 14:53
标题: 求助，使用GROMACS模拟疏水力的时候，模拟作用程和试验差别很大，审稿人问这个怎么回
模拟的疏水力作用程只有1nm左右，但试验的短程疏水力也有20nm。这可能是因为截断距离以及模拟本身的限制产生的吗？

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Author: chenzhe 时间: 前天 16:48
本帖最后由 chenzhe 于 2025-8-13 16:51 编辑

你弄错一个事情，你把疏水作用当成简单的范德华作用了（虽然你没明说，但1nm左右，应该就是这个）。疏水作用本质是熵效应，根本不是范德华作用。比如油分子丢水里面，油周围水分子其实会变有序，即熵降低，但是整个过程肯定是熵增的，要想变成稳定状态，就必须把水排开，那么两个远离的油分子就会自发靠近，最终聚集一起（这就是实验中疏水作用为何如此长程的原因，实验中如果只是范德华作用也在1nm就没了，MD不是瞎设的截断，是因为实验结果如此）。实际疏水作用是因为疏水分子加入改变了周围水分子的氢键排布，疏水作用恰恰是是”水作用“。距离远无非是靠拢的时间增加了，但最终一定会靠拢。如果你算力足够大，弄一个50x50x50nm盒子，放两个油水分子在两端，其余充满谁，只要MD时间足够长，照样油分子会聚集。按你说的说法油分子永远不可能聚集，但这明显不对。

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Author: sobereva 时间: 前天 16:50
“模拟的疏水力作用程只有1nm左右” 不知道你是如何得到的结论。如果是计算相互作用的截断半径，这和疏水作用是两码事，疏水作用来自于溶剂的熵效应，不体现在势函数的计算层面

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Author: ljs 时间: yesterday 15:49
我看了一些文章里面说对于小于1nm的疏水颗粒，其主要是因为会在周围形成高密度氢键笼状结构，这样当两个疏水颗粒靠近的时候，会释放一部分水进入体相水中，从而引起，熵增加。而对于大于1nm的颗粒，并不会形成高密度笼状结构，而是形成水分子排空区，两个颗粒靠近之后，会增加水分子的氢键数量，从而使得焓降低，引起疏水效应。但无论是对于小于1nm笼状结构的熵效应，还是大于1nm的焓效应。我在模拟的时候，水分子排空区只有3-4Å，甚至计算氢键密度的时候，只有当两个颗粒靠近到5Å的时候，才会导致颗粒中间氢键密度下降。但我做AFM试验的时候，相对短程的疏水力的作用范围就有20nm。这就是我不明白的所在，如果他是熵驱动，或者焓驱动，为啥模拟的时候只有离得非常近能看出氢键密度以及水分子密度的变化，但试验的作用范围又那么远。

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Author: ljs 时间: yesterday 16:02
而且我固定了一个疏水颗粒，然后把另一个疏水颗粒从10nm开始，让他靠近，在这两个颗粒靠近到1nm，之前，弹性势拉力一直是0啊，但到了1nm因为有范德华力和静电力又不好求疏水力的大小了。

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Author: chenzhe 时间: 7 hour ago

ljs 发表于 2025-8-14 16:02
而且我固定了一个疏水颗粒，然后把另一个疏水颗粒从10nm开始，让他靠近，在这两个颗粒靠近到1nm，之前，弹 ...

都说了疏水作用本质熵作用，和静电、范德华的截断没关系，你还是找本书看看吧

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Author: chenzhe 时间: 7 hour ago

ljs 发表于 2025-8-14 15:49
我看了一些文章里面说对于小于1nm的疏水颗粒，其主要是因为会在周围形成高密度氢键笼状结构，这样当两个疏 ...

疏水作用是熵驱动，距离是极其长程的，无论MD还是实验，这属于一个明确确定的物理概念了。Sob老师和我都给你解释了，就和MD的截断半径没关系

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