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标题: 我想在体系内添加一定的离子（KMLCA等），但amber99.ff下ions.itp没有原子类型 [打印本页]

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Author: 苏烟流光 时间: 前天 17:25
标题: 我想在体系内添加一定的离子（KMLCA等），但amber99.ff下ions.itp没有原子类型
各位大大，我的体系是分子在竞争环境下模拟铀离子吸附，现在准备添加一定数目的K,Mg，Ca等离子，但是我查看amber99.ff下的ions.itp文件，发现并没有atomtypes，因此导致报错ERROR 1 [file Ca.itp, line 7]: Atomtype C0 not foundThere was 1 note，所以我该如何获得这些Atomtype呢。我的top文件是由sobtop生成（eg2），还有就是我想问铀离子并没有在gromacs定义，我能否在GaussView自己构建UO22+，然后用Sobtop生成相应的文件，如果可以能否依然参考例二的步骤。

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Author: sobereva 时间: yesterday 00:00
ions.itp里涉及的原子的atomtype的定义在AMBER力场目录下的ffnonbonded.itp，你引用AMBER力场目录的forcefield.itp自然就对它们有定义了

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Author: 苏烟流光 时间: yesterday 15:29

sobereva 发表于 2025-8-13 00:00
ions.itp里涉及的原子的atomtype的定义在AMBER力场目录下的ffnonbonded.itp，你引用AMBER力场目录的forcefi ...

感谢sob老师的答疑，那老师如果我想在体系里加入一定了UO22+离子，但这种离子似乎需要自行定义，是否可以使用sobtop生成相应的参数呢

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Author: sobereva 时间: yesterday 17:23

苏烟流光发表于 2025-8-13 15:29
感谢sob老师的答疑，那老师如果我想在体系里加入一定了UO22+离子，但这种离子似乎需要自行定义，是否可以 ...

可以

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