计算化学公社

标题: gmx模拟稀疏填充的盒子，能通过控温获得实际密度吗？ [打印本页]

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作者
Author: Novice    时间: 前天 11:25
标题: gmx模拟稀疏填充的盒子，能通过控温获得实际密度吗？


如题，我模拟了一个稀疏填充的周期盒子，填充密度约为实际密度的1/10。nvt模拟后发现体系变为团簇聚集的结构；采用npt继续模拟发现盒子体积在缓慢变小。请问如果继续模拟下去体系能变为接近真实密度的情况吗？模拟时长需要多久呢？
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体系举例，比如社长的gmx培训班有个纳米水滴的气化模拟例子，后面还进行了降温使水蒸气冷凝，但是这两个过程中用的均是NVT模拟，我想问对于后面水的冷却，能通过NPT模拟在可以接受的时间尺度（比如10ns）将体系变为一个完全液体水填充满的盒子吗？

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作者
Author: sobereva    时间: 前天 21:12
可以。需要多久取决于压浴设置
把tau_p设小、可压缩系数设大，都可以加快盒子尺寸的变化

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作者
Author: Novice    时间: yesterday 16:06

sobereva 发表于 2025-8-11 21:12
可以。需要多久取决于压浴设置
把tau_p设小、可压缩系数设大，都可以加快盒子尺寸的变化

我设置tau_p=0.5，compressibility = 1.4e-3（再设置的更极端运行就会报错），发现体系在进行了几次NPT后体积并不会再减小了，此时填充的密度还和实际差距有10倍左右，盒子里面仍为有较多空白区域的团簇聚集形式。请问我该怎么做？
我开始稀疏填充NVT的目的是为了模拟分子自然聚集（类似升华后沉积的过程）的形态，请问要达到这个目的有更好的方法吗？

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作者
Author: sobereva    时间: yesterday 21:55

Novice 发表于 2025-8-12 16:06
我设置tau_p=0.5，compressibility = 1.4e-3（再设置的更极端运行就会报错），发现体系在进行了几次NPT后 ...

用deform设置使得盒子按特定速度减小，从而强行把盒子尺寸压小

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