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标题: 用pmemd计算自由能的问题 [打印本页]

作者
Author: alystone 时间: 2017-4-5 16:33
标题: 用pmemd计算自由能的问题
我的体系比较大，一直也是用pmemd.cuda进行加速模拟。当我在进行TI计算的时候，手册和例子上都是针对sander.MPI主程序，没有用pmemd进行TI计算的一些方法介绍，只简单说了可以完成，需要较复杂的修改一下。请问一下，谁见过pmemd计算TI的教程方法步骤之类的tutorial或者帖子吗？谢谢。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-4-5 17:57
这个？

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作者
Author: alystone 时间: 2017-4-5 19:04

liyuanhe211 发表于 2017-4-5 17:57
这个？

是这个，但是手册里边说的很有限。

作者
Author: agent99 时间: 2017-4-6 01:03
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial9/

作者
Author: alystone 时间: 2017-4-6 12:25

agent99 发表于 2017-4-6 01:03
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial9/

谢谢，的确是这个教程。只能用pmemd CPU计算，手册里明确写了Pmemd.cuda不支持计算TI。看来也只能慢慢跑了。谢谢！

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