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标题: 应用VMD如何对PDB文件中的原子和残基重新编号？ [打印本页]

作者
Author: huhq 时间: 2025-7-30 22:36
标题: 应用VMD如何对PDB文件中的原子和残基重新编号？
如题，请教各位，谢谢！

作者
Author: tptp 时间: 2025-7-31 07:27
我一般都是自己写python脚本处理这个问题

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-31 12:52
用VMD tcl脚本处理，具体怎么重新编号取决于实际目的

作者
Author: huhq 时间: 2025-7-31 15:19
本帖最后由 huhq 于 2025-7-31 15:22 编辑

可否提供个案例参考学习？谢谢了。

作者
Author: reniiiiuuu 时间: 2025-7-31 17:56

huhq 发表于 2025-7-31 15:19
可否提供个案例参考学习？谢谢了。

ai就可以办到，直接问就好了

作者
Author: student0618 时间: 2025-7-31 19:11
不用vmd的话

UCSF Chimera 有GUI 工具renumber residues https://www.rbvi.ucsf.edu/chimer ... iting/renumber.html

PyMOL有指令renumber residues (pymol wiki https://pymolwiki.org/index.php?title=Alter&redirect=no)

作者
Author: huhq 时间: 2025-7-31 22:28
多谢多谢！

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