计算化学公社

标题: 求助：请问为什么算出来的锌氧RDF不符合预期？ [打印本页]

作者
Author: 林俊杰 时间: 2025-7-29 16:01
标题: 求助：请问为什么算出来的锌氧RDF不符合预期？
我将OTF离子的氧名称改成了O1，计算了Zn与O1的RDF，请问一下怎么和我预想中的完全不一样，是哪里出错了吗？
附件是我的第一帧，请问有什么问题吗

作者
Author: reid 时间: 2025-7-30 11:07
什么体系，怎样生成的gro和top文件，什么信息都没有，让我们猜吗，请尽量补充完整信息

作者
Author: 林俊杰 时间: 2025-7-30 15:32
本帖最后由林俊杰于 2025-7-30 15:40 编辑

reid 发表于 2025-7-30 11:07
什么体系，怎样生成的gro和top文件，什么信息都没有，让我们猜吗，请尽量补充完整信息

因为我用CP2K算的只有一个pdb轨迹文件，然后pdb文件太大了，不能放上来，就放了第一帧

作者
Author: reid 时间: 2025-7-31 20:04

林俊杰发表于 2025-7-30 15:32
因为我用CP2K算的只有一个pdb轨迹文件，然后pdb文件太大了，不能放上来，就放了第一帧

原来用的是cp2k。建议只要不是发生化学反应，这种考察配位的，最好用Gromacs，又快又好。

作者
Author: 林俊杰 时间: 2025-8-1 15:20

reid 发表于 2025-7-31 20:04
原来用的是cp2k。建议只要不是发生化学反应，这种考察配位的，最好用Gromacs，又快又好。

谢谢！因为组里都是用cp2k

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-8-1 15:30

林俊杰发表于 2025-8-1 15:20
谢谢！因为组里都是用cp2k

跑MD用经典力场/机器学习势/反应力场/第一性原理等等的哪种理论方法，得看具体研究目的和特征（比如要观察某个变化、预计何种时空尺度发生，又比如统计某个属性、预计何种时空尺度的统计平均结果较好），同课题组的其他同学未必和你一个课题吧……而且一连发三四个主题帖问同一问题也有点夸张了。

作者
Author: 林俊杰 时间: 2025-8-1 15:56

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-1 15:30
跑MD用经典力场/机器学习势/反应力场/第一性原理等等的哪种理论方法，得看具体研究目的和特征（比如要观 ...

感谢回答，我以为两个版块不是互通的，我现在就删掉。

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