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标题: 蛋白-配体-DNA模拟中RMSD和RMSF趋势相反，求解思路 [打印本页]

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Author: lele123 时间: 2025-7-29 14:40
标题: 蛋白-配体-DNA模拟中RMSD和RMSF趋势相反，求解思路
本帖最后由 lele123 于 2025-7-29 14:40 编辑

我做了两组模拟（200ns)，分别是转录因子-激动剂配体-DNA和转录因子-激动剂配体-DNA-抑制剂。其中，抑制剂不在激动剂的结合位点上，算是变构调节。计算RMSD，可以看到化合物稳定了转录因子和DNA，并且加强了DNA双链间的氢键相互作用。但是在计算RMSF时，DNA的RMSF在化合物结合后是增加的，这应该怎么理解呢？很迷茫

图片说明：
前两张分别是转录因子和DNA的RMSD，黑红分别指转录因子的AB链，蓝绿分别指抑制剂结合后转录因子的AB链。
后两张分别是DNA两条链的RMSF（A链和B链），大概是从50ns开始计算。黑红分别指抑制剂未结合和结合状态。

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