计算化学公社

标题: 做铜板能量极小化时出现报错 [打印本页]

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ejath    时间: 2025-7-26 22:27
标题: 做铜板能量极小化时出现报错
报错提示如下:Internal error (bug):
Step 0: The total potential energy is nan, which is not finite. The LJ and
electrostatic contributions to the energy are -265.204 and 0, respectively. A
non-finite potential energy can be caused by overlapping interactions in
bonded interactions or very large or Nan coordinate values. Usually this is
caused by a badly- or non-equilibrated initial configuration, incorrect
interactions or parameters in the topology.



作者
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ejath    时间: 2025-7-26 22:29
图2和图3使用sobtop工具生成的itp文件,选择的是UFF
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ejath    时间: 2025-7-26 22:30
想知道是否是因为拓扑文件中angles的参数不对
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sobereva    时间: 2025-7-28 01:16
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,导致信息零零碎碎,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

UFF根本不适合描述铜单质。适合铜单质的参数看
在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程(含视频)
http://sobereva.com/153


顺带一提,北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)里专门有一节“金属的模拟”,对这些方面讲得超级详细。

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ejath    时间: 2025-7-30 17:02
sobereva 发表于 2025-7-28 01:16
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,导致信息零零碎碎,这 ...

谢谢老师分享,我还有个问题,在后续gromacs中模拟计算,是否需要定义铜原子间的键连,还是说通过非键相互作用(如 Lennard-Jones 势)就可以描述?
作者
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sobereva    时间: 2025-7-31 13:20
ejath 发表于 2025-7-30 17:02
谢谢老师分享,我还有个问题,在后续gromacs中模拟计算,是否需要定义铜原子间的键连,还是说通过非键相 ...

靠LJ势就能描述相互作用,不需要bond项




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