计算化学公社

标题: 使用sobtop计算cof的itp和top文件，跑npt过程时cof结构仍然会倾斜 [打印本页]

作者
Author: 。。。 时间: 2025-7-24 01:42
标题: 使用sobtop计算cof的itp和top文件，跑npt过程时cof结构仍然会倾斜
各位老师好，我使用社长的sobtop软件得到的COF材料在GAFF力场下的top和itp文件，sobtop提示缺失三个二面角信息，其中c2代表=CH2上的C，cc代表与=CH相连的六元环上的C，，然后我是把这三个二面角信息都用X -c2-cc-X的来代替，但是进行NPT过程，cof还是会从水平转变成倾斜，由于我想研究cof材料吸附水中的Hgcl2，所以希望cof能一直保持水平状态，然后Hgcl2运动，被cof吸附住。请问各位老师，这种倾斜是正常还是我对itp文件还是写的有问题？或者说需要对npt.mdp中进行限制才能使得cof一直保持水平？如果有做过cof的老师能帮我看看，我的问题出在哪里吗，谢谢了

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作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-24 07:19
必须确保有跨盒子的bond项，否则成了孤立体系，自然会歪斜。这需要sobtop能识别出跨盒子的键，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop里创建周期性拓扑文件的例子和相关详细说明。并且网页里也说了

在GROMACS里做此体系的动力学模拟的时候别忘了在mdp里要加上periodic-molecules = yes，这样GROMACS才能考虑跨盒子的力场项，否则当前体系从拓扑关系上会被当做一个孤立的环状体系看待。

没事别写fourierspacing = 0.16

作者
Author: 。。。 时间: 2025-7-24 11:34

sobereva 发表于 2025-7-24 07:19
必须确保有跨盒子的bond项，否则成了孤立体系，自然会歪斜。这需要sobtop能识别出跨盒子的键，仔细看http:/ ...

老师，我在npt.mdp中添加了periodic-molecules = yes，并且也删除了fourierspacing = 0.16，但是cof还是会倾斜。不过老师，我现在研究的cof是就是截取了一个孔道的结构来做模拟，而且我的盒子X,Y方向尺寸比我的cof尺寸要大，这样的话还会存在跨盒子的bond项吗。还是说，我应该在构建盒子时就把盒子X,Y方向设置地和cof的直径相近，然后再添加periodic-molecules = yes这个关键词吗 (, 下载次数 Times of downloads: 0)

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作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-25 14:51

。。。发表于 2025-7-24 11:34
老师，我在npt.mdp中添加了periodic-molecules = yes，并且也删除了fourierspacing = ...

显然当前盒子太大了，根本不满足COF的周期性。不能随便截出一个孤立的COF片段然后再额外加个盒子来计算，盒子必须直接对应于COF的晶胞（或超胞）的参数

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