计算化学公社

标题: VESTA可以像MS一样，播放每一帧xyz文件吗？ [打印本页]

作者
Author: THY 时间: 2025-7-20 22:04
标题: VESTA可以像MS一样，播放每一帧xyz文件吗？
各位老师，请问VESTA可以像MS一样，播放每一帧xyz文件吗？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-7-20 22:13
经我尝试，当前3.5.8版的VESTA只会载入多帧xyz文件的第一帧，显然是没法播放轨迹了。多帧xyz文件适合用VMD来看，又免费又能灵活调节显示效果（包括模仿VESTA部分风格等）。

作者
Author: THY 时间: 2025-7-21 09:19

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-7-20 22:13
经我尝试，当前3.5.8版的VESTA只会载入多帧xyz文件的第一帧，显然是没法播放轨迹了。多帧xyz文件适合用VMD ...

谢谢老师，我也发现只能播放第一帧，所以来问问

作者
Author: XXDD 时间: 3 day ago
请问一下MS怎么播放xyz的每一帧，为啥我用cp2k模拟得到的xyz文件拖不进去

作者
Author: chenzhe 时间: 3 day ago

XXDD 发表于 2025-8-13 16:49
请问一下MS怎么播放xyz的每一帧，为啥我用cp2k模拟得到的xyz文件拖不进去

直接拖进去，ms就会自动转xtd

作者
Author: XXDD 时间: 3 day ago

chenzhe 发表于 2025-8-13 16:52
直接拖进去，ms就会自动转xtd

我这边就是拖不进去，直接拖就会报错，这里回复不知道为啥不能放图片，我放在下面了，麻烦看看

作者
Author: XXDD 时间: 3 day ago
这是报错的内容

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 3 day ago

XXDD 发表于 2025-8-13 19:29
我这边就是拖不进去，直接拖就会报错，这里回复不知道为啥不能放图片，我放在下面了，麻烦看看

都用CP2K了，要不直接像http://bbs.keinsci.com/thread-52567-1-1.html这样用VMD看吧，还是说有什么效果或功能是M$有而VMD无法实现的……？

作者
Author: XXDD 时间: 前天 09:27

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-13 19:58
都用CP2K了，要不直接像http://bbs.keinsci.com/thread-52567-1-1.html这样用VMD看吧，还是说有什么效果 ...

我想用一个脚本统计盒子内的氢键情况，找到的教程是用MS运行的，所以就想用ms模拟然后运行脚本，cp2k那个我只会模拟，这个脚本我不知道该咋弄

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 前天 10:38

XXDD 发表于 2025-8-14 09:27
我想用一个脚本统计盒子内的氢键情况，找到的教程是用MS运行的，所以就想用ms模拟然后运行脚本，cp2k那个 ...

VMD本身就有按几何判据统计氢键的measure hbonds语句，如果要统计的氢键的给体与受体是分立的选区、保证均在周期性边界条件的盒子内，那可以写tcl脚本在VMD里统计。或者也可以尝试借助gromacs的gmx hbond或gmx hbond-legacy来统计，不过需要转换tpr和gro之类的文件格式，VMD倒也可以转换。另外http://bbs.keinsci.com/thread-43167-1-1.html也提到了很多偏向python生态的轨迹分析库。

实在要载入M$并用你说的（大概率后缀.pl的）脚本分析的话，那只能想法看手册教程（我没用过这玩意）弄清楚它对xyz文件记录原子坐标的行有什么奇怪的格式要求了。反正CP2K输出的多帧xyz轨迹文件是挺标准的。

顺便说一句，xyz文件不包含周期性边界条件的盒子信息，得额外设置一下。

作者
Author: XXDD 时间: yesterday 10:20

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-14 10:38
VMD本身就有按几何判据统计氢键的measure hbonds语句，如果要统计的氢键的给体与受体是分立的选区、保证 ...

谢谢大佬，那如果我要算周期性的话，是要把.xyz轨迹文件转换为.pdb文件吗

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: yesterday 11:08

XXDD 发表于 2025-8-15 10:20
谢谢大佬，那如果我要算周期性的话，是要把.xyz轨迹文件转换为.pdb文件吗

不一定啊，还是看用的什么软件，得确认它是(1)仅能从载入的轨迹文件里读盒子信息，还是支持载入轨迹文件后另外设置盒子，(2)能支持什么轨迹文件格式，(3)能不能在实际分析中利用盒子信息。如果体系不是非常大的话，用pdb文件的一个缺点是固定列宽限制了坐标数据的记录精度。

另外，不建议跑去别处翻旧帖“Unable to load file 'system.xyz' using file type 'xyz'。请问这个问题解决了吗，我也碰到了”这样突然提问一句，如果觉得不适合延续正在进行的讨论、一定要开新帖问的话，也最好把文件和分析脚本打包压缩上传、说明所用程序。

作者
Author: XXDD 时间: yesterday 14:26

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-15 11:08
不一定啊，还是看用的什么软件，得确认它是(1)仅能从载入的轨迹文件里读盒子信息，还是支持载入轨迹文件 ...

好的，感谢

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