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标题: RDF和ADF的混合CDF图如何绘制？ [打印本页]

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Author: aipacino 时间: 2025-7-16 21:28
标题: RDF和ADF的混合CDF图如何绘制？
本帖最后由 aipacino 于 2025-7-16 21:34 编辑

请教一下各位老师，在分析溶剂化结构和氢键网络时，下面这个图(c)可以如何绘制出来？文中提到TRAVIS这个软件，但是没有文档，有没有老师有使用经验想学习一下！
图片来源：https://doi.org/10.1038/s41467-021-27842-z
另外，想请教一下图(b)Comparison of CMD and AIMD overall radial distribution functions of 33 mol% ChCl in glycerol at 400 K，这个overall radial distribution functions怎么理解？应该指定哪些原子作为中心原子和参考原子呢？

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Author: student0618 时间: 2025-7-16 21:44
搜了一下http://www.travis-analyzer.de/ 有简单文档哦。(没用过)

不用这个的话，用绘图/分析程序把两个dataset作2D histogram就可以(e.g. python，plumed)

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Author: aipacino 时间: 2025-7-16 22:22

student0618 发表于 2025-7-16 21:44
搜了一下http://www.travis-analyzer.de/ 有简单文档哦。(没用过)

不用这个的话，用绘图/分析程序把两个 ...

谢谢回复，这个文档没有这些功能的详细教程
按照您的意思，是不是可以这样理解：这个图表达了氢键键长为x且这个氢键键角为y的出现频率，那么我分别收集氢键键长-数目和氢键键角-数目两个数据集，然后合并绘图就可以了

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Author: sobereva 时间: 2025-7-17 03:50

aipacino 发表于 2025-7-16 22:22
谢谢回复，这个文档没有这些功能的详细教程
按照您的意思，是不是可以这样理解：这个图表达了氢键键长为 ...

对。就是非常简单的轨迹分析，都不需要专门的工具，自己写个VMD tcl脚本就很容易能实现，顶多十几行代码的事

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Author: aipacino 时间: 2025-7-17 10:37

sobereva 发表于 2025-7-17 03:50
对。就是非常简单的轨迹分析，都不需要专门的工具，自己写个VMD tcl脚本就很容易能实现，顶多十几行代码 ...

谢谢sob老师，这是我画出来的效果
然后想请教一下上面提到的那个overall rdf的物理意义是什么呢，我应该如何选择中心原子和参考原子？

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