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标题: 计算得到的水溶液中Hgcl2中Hg-O的RDF与实验现象不符，力场参数是否设置有问题 [打印本页]

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Author: 。。。 时间: 2025-7-16 11:06
标题: 计算得到的水溶液中Hgcl2中Hg-O的RDF与实验现象不符，力场参数是否设置有问题
各位老师好，我最近在算的一个体系，遇到一些问题，期待能得到各位老师的解答。我的体系是第一部分想研究在水溶液中Hgcl2的扩散系数，因此我构建了一个500个水5个Hgcl2的立方体盒子，其中水我使用的是TI3P模型。现在查阅文献已经知道Hgcl2会和3个水分子形成水合分子，我想用这个结论去验证使用所力场参数的可靠性。尝试sobtop自动生成的itp，也尝试根据文献自己写了itp，现在两种itp都分别算完了min,npt和md,但是对md结果进行分析，分析了Hg和O之间的RDF，但是得到的结果好像不大正确。希望能有老师帮忙看一下，谢谢大家了。以及我很疑惑的一点，有文献有说明，Hgcl2和水分子结合后，Hg-cl的键长和键角是会发生变化的，那这部分的力场参数应该怎么去写呢。
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Author: sobereva 时间: 2025-7-16 12:05
专门研究“Hgcl2和水分子结合后，Hg-cl的键长和键角是会发生变化的” 这种精细问题，建议用CP2K跑DFT的AIMD，而不适合基于力场的动力学

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Author: 。。。 时间: 2025-7-16 14:19

sobereva 发表于 2025-7-16 12:05
专门研究“Hgcl2和水分子结合后，Hg-cl的键长和键角是会发生变化的” 这种精细问题，建议用CP2K跑DFT的AIMD ...

老师，如果不考虑这个的话，我就只用gromacs跑动力学，这个力场参数写的哪里有问题呀，总是不能很好地和实验的结果匹配

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-17 03:35
sobtop根本不兼容CHARMM。改成include AMBER力场的forcefield.itp，水模型用此力场目录下自带的itp

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Author: 。。。 时间: 2025-7-17 09:57

sobereva 发表于 2025-7-17 03:35
sobtop根本不兼容CHARMM。改成include AMBER力场的forcefield.itp，水模型用此力场目录下自带的itp

好的，谢谢社长，我去修改后重新尝试一下

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