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标题: 动力学跑完后体系出现真空层 [打印本页]

作者
Author: 雷阵雨 时间: 2025-7-15 10:24
标题: 动力学跑完后体系出现真空层
我的体系是一个有孔的材料，两侧和孔内用solvate填充了水，能量最小化后结构还是正常的（图1），但是跑完动力学后在材料的一侧出现了真空区（图2），且两侧水的密度变大了，体系中水的数量不变。以下是.mdp文件的内容，对材料进行了冻结，是不是因为这个原因呢？请赐教！
define                = integrator             = md
dt                      = 0.002    ;ps
nsteps                = 50000000  ;100 ns
comm-grps             = system
nstcgsteep             = 1000
; OUTPUT CONTROL OPTIONS
nstxout                = 0
nstvout                = 0
nstfout                = 0
nstlog                = 1000
nstenergy             = 1000
nstxout-compressed    = 25000
compressed-x-grps       = system
energygrps             = MOL SOL
; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS
; nblist update frequency
nstlist                = 10
ns_type                = grid
pbc                   = xyz
periodic_molecules    = yes
rlist                   = 1.0
cutoff-scheme          = Verlet
; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW
; Method for doing electrostatics
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.0
epsilon_r             = 1.0
epsilon_rf             = 1
; Method for doing Van der Waals
vdwtype                = cut-off
rvdw-switch             = 0.9
rvdw                   = 1.0
DispCorr                = EnerPres
;
Tcoupl                = V-rescale
tc_grps                = System
tau_t                   = 0.2
ref_t                   = 293.15
;
; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN
gen_vel                = no
gen-temp                = 293.15
gen-seed                = -1

; OPTIONS FOR BONDS
freezegrps             = MOL
freezedim             = Y Y Y
constraints = hbonds    ;
constraint-algorithm = LINCS ;
continuation = yes       ;

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-16 11:37
你没控压，初始体系结构里水相密度不够大，自然跑完了会出真空区

作者
Author: 雷阵雨 时间: 2025-7-16 15:24

sobereva 发表于 2025-7-16 11:37
你没控压，初始体系结构里水相密度不够大，自然跑完了会出真空区

我也发现了这个问题，加了控压后因为把材料freeze起来了，计算会崩掉。改用限制势后材料又没有周期性了，请问老师有没有什么好的解决办法呀

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-17 03:37

雷阵雨发表于 2025-7-16 15:24
我也发现了这个问题，加了控压后因为把材料freeze起来了，计算会崩掉。改用限制势后材料又没有周期性了， ...

用限制势和有周期性根本没任何冲突

作者
Author: 雷阵雨 时间: 2025-7-17 09:21
本帖最后由雷阵雨于 2025-7-17 10:06 编辑

sobereva 发表于 2025-7-17 03:37
用限制势和有周期性根本没任何冲突

我的意思是对材料使用限制势跑完npt后发现材料发生了一定程度的形变，导致与镜像盒子中的材料之间存在缝隙，但是应该是连在一起才对吧？这样不会影响后续的计算吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-17 10:10

雷阵雨发表于 2025-7-17 09:21
我的意思是对材料使用限制势跑完npt后发现材料发生了一定程度的形变，导致与镜像盒子中的材料之间存在缝 ...

也许一开始的盒子尺寸不对，本身就没法令体系满足周期性，导致跨盒子的键没有体现出来。也可能产生的拓扑文件本身有问题，没有跨盒子的键。如果你是用的sobtop产生的slab的拓扑文件，注意再仔细阅读http://sobereva.com/soft/Sobtop里面相关信息搞清楚sobtop是怎么判断成键关系的。

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