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标题: gmx_mmpbsa结合能计算总能量接近于0 [打印本页]

作者
Author: bling莹莹子 时间: 2025-7-14 21:19
标题: gmx_mmpbsa结合能计算总能量接近于0
我使用charmmgui构建了膜蛋白体系，其中蛋白采用amber14SB力场，POPE膜采用lipid力场，有机小分子电荷采用RESP2计算，选用GAFF力场。通过分析RMSD，认为体系达到了稳定状态并选取了90-100ns，裁剪得到了蛋白质和有机配体的轨迹文件，进行结合能计算，但是总能量接近于0。通过观察轨迹，配体在初始分子对接位置没有发生较大的位移，配体的位置在膜内，不知道是不是在计算mmpbsa时需要考虑膜结构呢？第一次使用gmx_mmpbsa，不太清楚自己的in文件是不是设置有问题，计算结果我已经放在了附件，请各位老师指点迷津！

作者
Author: jackshoulder 时间: 2025-7-15 17:04
你先统计一下蛋白与小分子之间是否有氢键。然后再观察一下轨迹，蛋白与小分子是否紧密的结合在一起。如果这些都没有问题，deltaG接近0的话，具体原因就不知道了

作者
Author: bling莹莹子 时间: 2025-7-17 10:03

jackshoulder 发表于 2025-7-15 17:04
你先统计一下蛋白与小分子之间是否有氢键。然后再观察一下轨迹，蛋白与小分子是否紧密的结合在一起。如果这 ...

好的，谢谢你的回答。

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