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标题: 跑MD只对其中的库伦作用感兴趣，怎么实现？ [打印本页]

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-3-31 21:50
标题: 跑MD只对其中的库伦作用感兴趣，怎么实现？
请教老师，做碳纳米管与水的MD，只想分析其中的库伦作用，不想算静电作用，应该怎么做？用g_energy抽取其中的库伦作用就可以吗？或者将top文件中的二面角的参数改成0可行吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-1 00:03
水和纳米管设成两个energy group，然后用energy命令把MD过程产生的edr中它们之间的库仑作用项提取出来即可

这根top没关系，和二面角参数更没关系。你要是二面角参数设成0，纳米管估计就严重变形了。

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-4-1 09:34
好的，谢谢老师。

作者
Author: Accelerator 时间: 2017-4-1 11:46
不懂MD，不过看到lz说只想分析其中的库伦作用，不想算静电作用，借楼问一下MD里库仑作用和静电作用有什么区别。。
ps lz的头像给给的

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-1 13:11

Accelerator 发表于 2017-4-1 11:46
不懂MD，不过看到lz说只想分析其中的库伦作用，不想算静电作用，借楼问一下MD里库仑作用和静电作用有什么区 ...

库仑作用和静电作用完全是一码事，我以为LZ要区分静电作用和色散作用

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-4-1 16:48
本帖最后由 fhh2626 于 2017-4-1 16:49 编辑

sobereva 发表于 2017-4-1 13:11
库仑作用和静电作用完全是一码事，我以为LZ要区分静电作用和色散作用

话说MD里面碳纳米管的电荷是0吧，LZ想做什么呀

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-2 01:25

fhh2626 发表于 2017-4-1 16:48
话说MD里面碳纳米管的电荷是0吧，LZ想做什么呀

不知道。如果是修饰过的就不为零了。

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-4-4 16:11

Accelerator 发表于 2017-4-1 11:46
不懂MD，不过看到lz说只想分析其中的库伦作用，不想算静电作用，借楼问一下MD里库仑作用和静电作用有什么区 ...

请问LZ是什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-5 02:36

guoy14iccas 发表于 2017-4-4 16:11
请问LZ是什么？

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