计算化学公社

标题: 关于有机小分子如何获取力场文件和水模型的选择 [打印本页]

作者
Author: gingaorb 时间: 2025-7-11 00:57
标题: 关于有机小分子如何获取力场文件和水模型的选择
各位小哥哥，各位大佬们，我最近又遇到了一个问题，想请教一下大家呀~

是这样的，我想模拟一个有机小分子，在我的体系中是丙酮酸分子，研究它从真空进入水slab中的PMF曲线，最近刚接触GMX，目前是个新手小白~

第一个问题，我不知道怎么获取丙酮酸分子的相关力场文件，目前搜到LigParGen网站似乎可以做这件事，但我不清楚是否还有更好的方法。

第二个问题，我不太了解应该用哪个水模型，目前看文献中用到的普遍是TIP3P模型，但导师问我，你如何证明使用这种非极化水模型的正当性。

特别是对于第二个问题，我不知道该怎么回答导师才能有比较好的说服力。

请问各位小哥哥，各位大佬们，能否给我的问题提供一些建议和帮助呢？非常感谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-11 02:04
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

最推荐sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生小分子的GAFF或GAFF2力场的拓扑文件，结合Multiwfn计算的RESP或RESP2(0.5)原子电荷。水可以用十分主流的SPC/E，或更好的OPC。强烈不推荐TIP3P

根本没有“非极化水模型”这种概念。TIP3P属于不可极化水模型。
SPC/E比TIP3P强多了，四点水模型比SPC/E更好

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）非常详细讲水模型部分的幻灯片了解不同水模型的好赖：

(, 下载次数 Times of downloads: 112)

(, 下载次数 Times of downloads: 120)

作者
Author: gingaorb 时间: 2025-7-11 05:22
非常感谢站长大大的指正和帮助，但这些水模型再好，都属于不可极化水模型，我该如何回答导师关于在我的体系中，丙酮酸分子从真空进入体相水，使用不可极化水模型的正当性的问题呢？

作者
Author: tptp 时间: 2025-7-11 07:31

sobereva 发表于 2025-7-11 02:04
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1- ...

sob老师，我想借着楼主的贴子问您一下。最近公社里有人分析了Amber19SB的文件，请问对于这个力场来说模拟蛋白质体系的时候，用什么水模型更好呀，OPC3是最好的三点水模型，那有没有必要用计算量更大的OPC呢？而且我记得之前说过Amber14SB有一些误差但是可以恰好被TIP3P水模型抵消，那么19SB再用具有误差的TIP3P是不是就不太合适了呢？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-11 07:56

gingaorb 发表于 2025-7-11 05:22
非常感谢站长大大的指正和帮助，但这些水模型再好，都属于不可极化水模型，我该如何回答导师关于在我的体系 ...

用可极化水模型原理上当然更好，但是通常需要高得多的计算量，而且很多程序都没法用。对于当前的问题，用可极化水模型的必要性并没有非常高。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-11 07:57

tptp 发表于 2025-7-11 07:31
sob老师，我想借着楼主的贴子问您一下。最近公社里有人分析了Amber19SB的文件，请问对于这个力场来说模拟 ...

看AMBER19SB力场原文，明确说了最适合搭配的水模型。

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