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标题: 石墨烯接支含氧官能团分子动力学模拟建模求助 [打印本页]

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Author: 1030266769 时间: 2025-7-10 16:08
标题: 石墨烯接支含氧官能团分子动力学模拟建模求助
我的模拟体系是石墨烯接支含氧官能团，水和KHCO3的混合体系
我通过MS建立石墨烯接支含氧官能团结构，导出结构，赋予体系OPLS-AA力场信息，建立data文件，用LAMMPS跑模拟
现在出现了问题，在我的模拟里，石墨烯不是一个周期性结构，而是一个片段，通过模拟结构图片可以看到，盒子边缘的碳原子翘起来了，明显没有与周围周期的碳原子键接，又因距离相近产生了较大的斥力
以下是初始结构和跑完动力学模拟的结构

求路过大佬解答如何处理这个问题！

作者
Author: 海棠依旧cdut 时间: 2025-7-10 23:22
你说的边缘碳原子翘起来了，这个应该是没有把石墨烯设置为刚性，这个lammps里面有命令可以设置。距离相近较大的斥力需要通过代码删除石墨烯自身的相互作用，这个lammps里面也有命令可以设置。

作者
Author: 海棠依旧cdut 时间: 2025-7-10 23:24
本帖最后由海棠依旧cdut 于 2025-7-10 23:25 编辑

neigh_modify exclude group membrane membrane #去除膜内部作用
fix gangti1 membrane rigid single force * off off off torque * off off off #设置membrane为刚体
我是把石墨烯设置为 membrane 组。然后通过这两个命令完成的设置，应该就是你说的这些问题。具体命令可以去看lammps手册

作者
Author: 1030266769 时间: 2025-7-11 16:31

海棠依旧cdut 发表于 2025-7-10 23:22
你说的边缘碳原子翘起来了，这个应该是没有把石墨烯设置为刚性，这个lammps里面有命令可以设置。距离相近较 ...

不对，本质上原因还是这个石墨烯是一个片段，边缘的碳原子与周围周期的边缘碳原子距离太近，斥力较大导致的，所以解决的办法还是需要将石墨烯的topol信息作为一个周期性的topol信息，而不是一个片段的

作者
Author: 1030266769 时间: 2025-7-11 16:33

海棠依旧cdut 发表于 2025-7-10 23:24
neigh_modify exclude group membrane membrane #去除膜内部作用
fix gangti1 membrane rigid s ...

这个我没尝试过，我试试，我解决办法是自己手动给石墨烯的topol文件加上周期性的信息

作者
Author: 海棠依旧cdut 时间: 2025-7-12 11:20

1030266769 发表于 2025-7-11 16:31
不对，本质上原因还是这个石墨烯是一个片段，边缘的碳原子与周围周期的边缘碳原子距离太近，斥力较大导致 ...

这样说的话不还是因为周期性的问题导致碳原子距离近了导致斥力太大吗？这样的话还是需要取消石墨烯内部相互作用才行。

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