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标题: 请求如何大体系在Gaussian无法优化得到chk文件的前提下利用sobtop构建gmx top文件 [打印本页]

作者
Author: zyaks.liu 时间: 2025-7-9 21:24
标题: 请求如何大体系在Gaussian无法优化得到chk文件的前提下利用sobtop构建gmx top文件
请教sob老师，
我在学习gromacs时候遇到困难：
1.您的sobtop分配力场构建力场参数的机制是怎样的？
2.我手头只有pdb文件与mdp文件，还能用soptop构建出合理的top文件吗？

3.若2不能实现，我该如何合理配置参数呢？（我的体系是多壳层水解体系，f区原子外包100-300水分子）

祝身体健康，工作顺利

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-9 21:36
认真把http://sobereva.com/soft/Sobtop看一遍就全明白了，写得极尽详细，丰富的例子充分体现了用法，“产生苯甲酸甲酯的GROMACS的拓扑和gro文件：参数完全基于GAFF的” 这个例子就没直接牵扯到Gaussian做几何优化、产生fch文件的过程。认真看后如果有什么不清楚的再具体问。PS：如果连写得这么清楚的教程还理解不了，说明分子模拟和GROMACS的基础知识过于匮乏，建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）系统性学一遍。

没有叫soptop的东西

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