计算化学公社

标题: 关于计算扩散系数重复实验问题 [打印本页]

作者
Author: hzx 时间: 2025-7-9 11:12
标题: 关于计算扩散系数重复实验问题
想问各位老师大神，我用gromacs计算CO2在水中扩散系数，通过packmol建立盒子-能量最小化 - nvt - npt - md，通过msd计算扩散系数，平衡后每10ns计算一次取平均，问题1：想问问这样做可以吗？
2.想做3次重复试验，重复试验从nvt开始，通过nvt.mdp设置gen_seed = -1，其余保持不变，进行三次模拟，这样方法正确吗，还是从packmol开始重复，（我试了一下，由于CO2,H2O的个数和盒子尺寸一样，导致输出结果也一样），还请大神解答

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-9 11:23
又是乱用nvt - npt - md这种描述。注意看下文 “20 不要迷惑性地描述分子动力学研究过程”部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

1 “每10ns计算一次取平均”语义不明。直接用gmx msd对产生相的轨迹计算就完了，没有什么手动取平均的事

2 没必要做这种重复。跑一次足够长的模拟就完了，足够得到统计误差足够小的结果。CO2容易扩散，结果对初始状态没有什么依赖性。

作者
Author: hzx 时间: 2025-7-16 15:01

sobereva 发表于 2025-7-9 11:23
又是乱用nvt - npt - md这种描述。注意看下文 “20 不要迷惑性地描述分子动力学研究过程”部分
计算化学中 ...

好的老师，我下次多注意，多谢老师讲解

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