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标题: 知道溶剂浓度如何构建对应浓度的水盒子 [打印本页]

作者
Author: 。。。 时间: 2025-7-7 10:10
标题: 知道溶剂浓度如何构建对应浓度的水盒子
各位老师好，我想研究Hgcl2和水，因为有文献有说会形成水合的Hgcl2，然后实验那边有提供了水中Hgcl2的浓度，如何使用gromacs构建对应浓度的水盒子？可以先构建一个纯水盒子，然后用gmx genion这个把一部分水替换成Hgcl2吗，以及如果这样构建完还需要加Nacl来平衡电荷吗

作者
Author: PLwang 时间: 2025-7-7 19:37

gmx solvate -box 10 10 10 -o water.gro
gmx genion -f water.gro -conc [concentration in Mol/L] -o HGCL2.gro

复制代码

HgCl2为中性，所以理论上不需要添加NaCl来平衡电荷，如果需要平衡，可在genion中额外输入-neutral。
如果是要做阴阳离子（Hg2+和Cl-，但在我看来好像没什么必要），只能使用insert-molecular -replace

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