计算化学公社

标题: 请问如何对设备做非常仔细的调优才能实现CP2K的最大性能？ [打印本页]

作者
Author: 洛川i 时间: 2025-7-6 02:14
标题: 请问如何对设备做非常仔细的调优才能实现CP2K的最大性能？
问题背景：1.现有老服务器一台，在提交两个CP2K任务时，核数占用异常，且拖慢第一个任务计算速度，打算先用社长提供的核数绑定方法试试。如若
            2.不久将根据社长装机配置的帖子加几台机器（但资金有限，无法弄集群了）
紧接着，看到一篇帖子如图，惊觉自己并没有进行相关调优（这也可能是问题背景1的原因）。
问题：1.对于问题背景1，我的思路是先用社长提供的核数绑定方法试一试，如若真行不通，打算再试试单机slurm安装脚本。请问这个思路是否正确？
      1.1.接着，请教各位老师如何对CP2K相关软件或者环境设置如何系统性的去调优？以便新机器到了去调优。
      2.此外，对不同体系的第一性原理计算，比如一个二维体系一个三维体系的计算，在做核数并行最佳效率测试时是否都要做测试，还是设备不同，才做最佳核数并行测试？或是都要做？
      2.1.对于开超线程好的CPU是否测试最佳效率并行核数上限就是物理核心（社长帖子里有提到超线程单个任务的核数不要超过物理核心数）？
      2.2.对于不开超线程好的CPU是不是测试上线就可以是最大物理核心数？
感谢老师的解答，万分感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-6 08:40
绝大多数CP2K用户，通常只用popt版同一时间跑一个任务，在运行方式上没什么调优的事，有多少物理核心就用多少物理核心（无论开不开超线程）
至于用psmp版实现MPI+OpenMP并行，以及同时跑多个任务，才有调的事。怎么调取决于具体计算场景（计算的任务、用的理论方法、体系规模、同时跑几个/哪些计算等）。调主要是考虑OpenMP线程数和MPI进程数怎么分配、每个计算给多少核。并且注意任务和CPU核心的绑定，在《通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时》（http://sobereva.com/553）里专门说过。
同时跑多个任务时，不管开不开超线程、不管什么方式并行，总的并行核数都不建议超过物理核心数。至于超线程的影响，如果关了后可以在满载时有更高频率，可以关，否则没必要关。

作者
Author: 洛川i 时间: 2025-7-6 09:51

sobereva 发表于 2025-7-6 08:40
绝大多数CP2K用户，通常只用popt版同一时间跑一个任务，在运行方式上没什么调优的事，有多少物理核心就用多 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: abin 时间: 2025-7-6 15:29
默认,
cp2k.popt ---> cp2k.psmp
这两个是一个东西. 几乎不用纠结用哪一个.

也许差异来自于 BLAS, LAPACK, ScaLAPACK, libxsmm, spla, cosma,
这些组件大概涉及矩阵运算....

使用调度器做资源调度, 应该是比较推荐的做法.

当然需要知晓的是,
多颗处理器的场景, 要区分机器满负荷; 处理器半负荷; 单颗处理器满负荷, 单颗处理器半负荷等工况下,
处理器的综合性能是有差异的.

当然了, 避开针对移动设备搞的大小核处理器.

作者
Author: 洛川i 时间: 2025-7-6 15:42

abin 发表于 2025-7-6 15:29
默认,
cp2k.popt ---> cp2k.psmp
这两个是一个东西. 几乎不用纠结用哪一个.

好的，谢谢鸭

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