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标题: 求助Gaussian优化后成键关系改变 [打印本页]

作者
Author: oillio 时间: 2025-7-5 11:09
标题: 求助Gaussian优化后成键关系改变
各位老师好。我在GaussView中绘制了一个2-硝基苯酚（此时硝基的N与O之间共轭 1.5个键级），然后又在Gaussian中利用# b3lyp/6-31g** em=GD3BJ opt 对它进行几何优化（后续想用于分子模拟计算扩散系数），但是优化完得到的结构中N与O间变成了双键，请问这种情况会不会对后续的模拟有影响？如果有的话我需要如何改正？感谢各位老师解答。

作者
Author: Solitude198 时间: 2025-7-5 11:28
gaussview只是显示双键，实际是什么要根据波函数再看，以后记得遇到问题先站内搜索看看

http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=53256

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-6 08:20
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

作者
Author: oillio 时间: 2025-7-7 14:37
本帖最后由 oillio 于 2025-7-7 15:18 编辑

老师，优化得到的结构我不用于量化计算，只想作为跑分子模拟的初始结构。文中说“对于涉及到分子力学的计算，连接关系必须指定，因为这直接影响到计算时势函数的设定。” 可如果保留gjf文件中的成键关系项，我的优化就会报错没法进行，只有删掉才能正常开展。请问我该如何解决？就利用下面chk文件导出的mol2文件在sobtop中生成top和gro文件合理吗？

作者
Author: oillio 时间: 2025-7-7 14:40
这是我的gjf文件以及优化完由chk文件得到的mol2文件

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