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标题: 小分子在溶液中扩散与吸附的分析问题 [打印本页]

作者
Author: sakura22409 时间: 2025-7-3 14:41
标题: 小分子在溶液中扩散与吸附的分析问题
各位老师好，最近导师让我做一个新的课题，主要为研究不同小分子在醇水体系中的扩散行为，以及当存在外部吸附物质时（如活性炭）体系中各分子物质的行为会发生哪些变化。
我主要使用GROMACS进行模拟，但是最近有疑问是不知道做哪些数据分析（目前主要做了扩散系数，密度分布，吸附能）。
希望各位老师可以给些意见，还可以从哪些角度入手进行一些分析，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-5 08:24
你说的那些就是最主要、必做的分析。还可以考察更多细节，比如平均氢键数目、寿命等。

还很推荐用Multiwfn做amIGM分析，能够清晰直观考察动力学过程中分子间相互作用，看
Tian Lu, Graphically revealing weak interactions in dynamic environments using amIGM method, Structure and Bonding. Springer, Berlin, Heidelberg. DOI: 10.1007/430_2025_95
例子在Multiwfn最新版手册4.20.13节里有。

PS：下文做的是aNCI分析，今年我提出的amIGM比aNCI好用得多，文中用aNCI的都建议用amIGM取代
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186
使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用
http://sobereva.com/591（http://bbs.keinsci.com/thread-21826-1-1.html）aNCI在下文里也做了介绍并给了例子
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表！
http://sobereva.com/667（http://bbs.keinsci.com/thread-37629-1-1.html）

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