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标题: 关于拉伸动力学拉伸小分子移动方向的疑问请教 [打印本页]

作者
Author: yolo-blossom 时间: 2025-7-2 14:25
标题: 关于拉伸动力学拉伸小分子移动方向的疑问请教
各位老师好，目前我已经可以将小分子从我的蛋白通道中拉出来，但是按照目前的mdp设置的拉伸参数，我查看轨迹的时候发现拉伸的方向有误，不是按照我想要的方向来拉伸的，目前拉伸的方向是下图中红色箭头的方向，但是我想要的是下图中蓝色箭头的拉伸方向，下图二中是目前mdp文件中关于拉伸部分的设定参数。如果我想要达到黄色拉伸方向模拟的话，应该如何来修改这个mdp中的参数？

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作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-3 05:49
把rate设为负值看看

作者
Author: yolo-blossom 时间: 2025-7-3 12:06

sobereva 发表于 2025-7-3 05:49
把rate设为负值看看

sob老师我在将rate改为对应的负值以后出现Pull reference distance for coordinate 1 (-0.000013) needs to be non-negative的错误提示，这是因为什么原因呢
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作者
Author: Dempey 时间: 2025-7-3 12:23
可以把pull-coord1-geometry设置成direction，配合pull-coord1-vec指定方向（0 0 1或0 0 -1），rate用正值就行

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