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标题: 求助：蛋白-多肽体系100ns的动力学模拟后，生成的gro文件转化成pdb文件出现断链 [打印本页]

作者
Author: 木月十七岁 时间: 2025-6-26 15:57
标题: 求助：蛋白-多肽体系100ns的动力学模拟后，生成的gro文件转化成pdb文件出现断链
各位老师好，有个问题想请教一下大家。我进行了蛋白-多肽体系的100ns的分子动力学模拟，导出了最后一帧的gro文件，想将其转化成pdb文件以进行后续的模拟。但是在转化成pdb文件后，发现pdb格式的蛋白链产生断裂。随即我依次输入了下面的两条命令：gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -pbc mol -o new.xtc 和 gmx trjconv -f new.xtc -pbc nojump -o final.xtc ，然后使用final.xtc提取100ns的gro文件，在转化成pdb时，发现格式仍然有问题，链依旧会断裂，请问各位是否遇到过这种问题，以及各位是怎么解决的。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-26 18:25
用VMD显示，比用Pymol舒服多了。并且用pbc box命令把盒子显示出来便于弄清楚情况

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