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标题: 含有B原子的DFOB阴离子如何生成OPLS-AA力场 [打印本页]

作者
Author: sci-666 时间: 2025-6-25 21:52
标题: 含有B原子的DFOB阴离子如何生成OPLS-AA力场
ligpargen无法识别含有B元素的DFOB阴离子，还有什么办法可以生成DFOB的基于OPLS-AA的itp文件吗，目前已经用gaussian进行DFOB的pdb文件构建

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-26 02:38
推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF+UFF结合RESP电荷的拓扑文件，B用UFF的范德华参数，其它元素用GAFF的范德华参数，所有成键相关项直接让sobtop自动猜谐振势的力常数或者通过mSeminario/m2Seminario方法算出来

作者
Author: sci-666 时间: 2025-6-26 12:58

sobereva 发表于 2025-6-26 02:38
推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF+UFF结合RESP电荷的拓扑文件，B用UFF的范德华参 ...

感谢老师，我尝试一下，有人说也可以先构建除B之外的部分，用比如C什么的代替B，先用lig生成“伪itp”，然后再把C替换为B，这样可取吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-27 06:47

sci-666 发表于 2025-6-26 12:58
感谢老师，我尝试一下，有人说也可以先构建除B之外的部分，用比如C什么的代替B，先用lig生成“伪itp”， ...

没必要绕弯路

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