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标题: gmx如何在拉伸模拟中增加约束，防止在水盒子里翻转跳出了水盒子 [打印本页]

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Author: konosuba 时间: 2025-6-25 19:01
标题: gmx如何在拉伸模拟中增加约束，防止在水盒子里翻转跳出了水盒子
本帖最后由 konosuba 于 2025-6-25 19:03 编辑

请教各位大佬，在用gmx做胶原肽的拉伸模拟，参考的论文用的是NAMD，原论文使用两个约束，一个是在长度方向上的拉伸约束，另一个是固定胶原肽整体不产生翻滚自由旋转的角度约束。第一个约束gmx可以解决，但是第二个约束的操作比较复杂似乎没办法直接从NAMD迁移到gmx上，请问大家有遇到过类似的需求吗？是怎么解决的呢？大致是个长杆状的胶原肽，但是局部存在自然热波动，类似绳子那样的弹簧。

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Author: sobereva 时间: 2025-6-26 02:42
[ angle_restraints_z ]可以用来限制一对原子与z轴的夹角，另外还有[ orientation_restraints ]，看看是否适合当前情况

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Author: konosuba 时间: 2025-6-26 09:58

sobereva 发表于 2025-6-26 02:42
[ angle_restraints_z ]可以用来限制一对原子与z轴的夹角，另外还有[ orientation_restraints ]，看看是否 ...

好的老师，这两个方法我都试试。根据我目前的理解来看，针对第一个方法，整个胶原肽不太能形成直杆，约束在某一个笛卡尔坐标系里可能约束太强，第二个的我再了解下。还有一个问题，请问怎么判断约束对计算模拟的影响合不合理？C:\Users\26384\Downloads\image.png

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Author: sobereva 时间: 2025-6-27 07:09

konosuba 发表于 2025-6-26 09:58
好的老师，这两个方法我都试试。根据我目前的理解来看，针对第一个方法，整个胶原肽不太能形成直杆，约束 ...

合不合理没有唯一判据
有的约束可能明显施加了人为虚假因素，因此得到了常规模拟无法直接得到的结果，但如果目的就是为了获得特定条件下的结果、有明确的研究目的而施加约束，那也可以说是合理的。只要能给别人解释得通加约束的缘由就行。

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Author: konosuba 时间: 2025-6-27 11:36

sobereva 发表于 2025-6-27 07:09
合不合理没有唯一判据
有的约束可能明显施加了人为虚假因素，因此得到了常规模拟无法直接得到的结果，但 ...

好的，谢谢老师

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