计算化学公社

标题: GROMACS Helper for VS Code插件 —— 让 VS Code 更适合 GROMACS 用户 [打印本页]
作者
Author: mcard    时间: 2025-6-24 15:28
标题: GROMACS Helper for VS Code插件 —— 让 VS Code 更适合 GROMACS 用户
本帖最后由 mcard 于 2025-6-24 16:09 编辑

最近一直在使用Visual Studio Code（简称VS Code）进行研究，尤其是他集成了 SSH、terminal、文件管理、代码支持等诸多功能于一身的整合性让他成为开展计算化学研究中的一把利剑。

考虑到 gromacs 及其配套工具链软件会产生许多的文件，其中的多数格式尚未被 VS Code 高亮支持，因此决定花费一些时间开发这样一款VS Code 插件——GROMACS Helper for VS Code(这就是下载地址)，为常见的文件提供高亮和编辑辅助。

目前已经支持的文件类型包括.mdp、.top、.itp、.gro、.pdb、.ndx、.xvg、.inp，具体支持功能如下表所述。

文件类型 扩展名 描述 功能支持
MDP.mdp 分子动力学参数文件 语法高亮、智能补全、悬停提示、错误检查、语义着色
Topology.top, .itp 拓扑结构文件 语法高亮、符号导航、代码折叠
Structure.gro, .pdb 结构坐标文件 语法高亮、符号导航、残基语义着色
Index.ndx 索引组文件 语法高亮、符号导航、代码折叠
XVG Data.xvg 绘图数据文件 语法高亮、交互式图表预览、数据分析
Packmol.packmol, .inp Packmol 输入文件 语法高亮、结构预览、格式化、智能补全


功能预览

1. MDP 文件

(, 下载次数 Times of downloads: 118)

完整、全面的语法高亮支持（基于 Gromacs 2025.2 版本）

(, 下载次数 Times of downloads: 107)

支持所有参数的详细说明、自动参数检验、重复参数提示。

(, 下载次数 Times of downloads: 109)

快速格式化，对齐空格

(, 下载次数 Times of downloads: 109)

输入时补全提示

(, 下载次数 Times of downloads: 109)

使用`；；；`标记可折叠区域


2. TOP、ITP 文件

(, 下载次数 Times of downloads: 105)

高亮和折叠

(, 下载次数 Times of downloads: 110)

大纲视图可以展示拓扑结构，快速跳转

(, 下载次数 Times of downloads: 104)

部分参数组添加了提示

3. PDB、GRO 文件


(, 下载次数 Times of downloads: 109)

不同类型残基提供单独颜色空间

(, 下载次数 Times of downloads: 105)

PDB 文件分析，缺失残基和低精度结构自动警告

(, 下载次数 Times of downloads: 109)

基于链、残基和原子的详细大纲视图

3. NDX 文件




可折叠视图

(, 下载次数 Times of downloads: 106)

提供大纲视图

4. XVG 文件


(, 下载次数 Times of downloads: 107)

XVG 文件高亮



XVG 文件简单预览和导出（支持多列 y 轴数据）

4. INP 文件


(, 下载次数 Times of downloads: 106)

INP 文件同样支持高亮、语法提示、参数检验





各种各样的 packmol 输入文件预览

安装


(, 下载次数 Times of downloads: 111)


任何BUG、问题、功能需求欢迎留言反馈或在 GitHub 提交 issue


喜欢的话请给仓库点个 Star







作者
Author: neocc    时间: 2025-6-30 16:35
如果再结合gpt，读取top和mdp的文件内容，提供paper的结果讨论范文就更完美了
作者
Author: 大村驴    时间: 2025-7-1 13:51
比我那个好
作者
Author: greatzdk    时间: 2025-7-1 17:26
好东西啊 厉害了



欢迎光临 计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3