标题: Residue 'CU' not found in residue topology database [打印本页] 作者Author: wyx1208 时间: 2025-6-24 09:43 标题: Residue 'CU' not found in residue topology database 本帖最后由 wyx1208 于 2025-6-24 09:45 编辑
大佬们好，我在用gromacs的pdb2gmx处理蛋白时出现以下报错：Residue 'CU' not found in residue topology database，使用的是AMBER14SB_parmbsc1力场，但是我去力场文件夹下是能够找到“CU”的原子信息的，具体如下图：
请问有大佬遇见过这种情况吗，是如何解决的呢？ 作者Author: sobereva 时间: 2025-6-26 05:50
rtp文件里没有定义残基名叫CU的残基，所以pdb2gmx没法处理带Cu的pdb文件。搞清楚pdb2gmx的运作机制
要么自己改写rtp文件增加其定义，要么pdb文件里去掉CU。 作者Author: wyx1208 时间: 2025-6-26 13:58
