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标题: 分子吸附在表面发生解离时该如何计算其变形能？ [打印本页]

作者
Author: yulichimie 时间: 2025-6-23 03:13
标题: 分子吸附在表面发生解离时该如何计算其变形能？
大家好，我目前想要分析一个柔性分子吸附在表面时的变形能。

我使用的计算变形能的公式为 E(变形能) = E(分子在表面吸附的构象) - E(分子在真空中优化后的构象)

现在遇到的问题是，分子中含有羧基，吸附时质子转移到了表面，如果按照上述公式进行计算的话，计算 E(分子在表面吸附的构象) 时会有断键存在，和E(分子在真空中优化后的构象)的差值就不只有变形能。

请问在这种情况下，应该怎样处理才能正确得到分子的变形能呢？

谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-23 05:44
这属于解离吸附。不管是否断键，依然按照那个公式计算变形能。但如果你觉得称为变形能在语义上不适合的话，也可以称为解离能。或者如果整个吸附过程中可以近似划分为结构变形+解离两个阶段，可以取MEP上的一个点作为分界，前面部分的能量改变算变形能，后面的算解离能

作者
Author: yulichimie 时间: 2025-6-23 17:29

sobereva 发表于 2025-6-23 05:44
这属于解离吸附。不管是否断键，依然按照那个公式计算变形能。但如果你觉得称为变形能在语义上不适合的话， ...

谢谢老师。因为目前我主要是想针对变形能进行分析，所以不想要解离能的这一部分。想要问一下有没有办法去掉解离能的影响，只得到变形能。麻烦老师了

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-24 05:25

yulichimie 发表于 2025-6-23 17:29
谢谢老师。因为目前我主要是想针对变形能进行分析，所以不想要解离能的这一部分。想要问一下有没有办法去 ...

如前所述，只能自己选MEP上的一个点作为分界。选择有一定任意性，比如把要解离的键的键长刚出现明显增加的那个点作为分界

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