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标题: sobEDA计算过程中formchk和unfchk工具进行chk和fch之间的转换问题 [打印本页]

作者
Author: ZHUOHAO 时间: 2025-6-22 09:40
标题: sobEDA计算过程中formchk和unfchk工具进行chk和fch之间的转换问题
本帖最后由 ZHUOHAO 于 2025-6-22 11:11 编辑

各位老师，请教一下sobEDA计算过程中formchk和unfchk工具进行chk和fch之间的转换不成功。体系包含了444个原子分成了4个片段去计算。
第一次计算chk和fch转换不成功，错误提示为：
Generating fch file of promolecular state via Multiwfn (promol.fch)
Running: unfchk promol.fch promol.chk
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 00000000008ceac8, rcx ffffffffffffffff
rdx 0000000000000f1d, rsp 00007ffe4104d7c8, rbp 00007ffe4104d820
rsi 000000000000000b, rdi 0000000000000f1d, r8  00002ae44ff28e00
r9  00002ae44ff28e00, r10 00007ffe4104d220, r11 0000000000000202
r12 00007ffe4104daa0, r13 00000000008ced21, r14 0000000000000003
r15 00007ffe4104efe8
  /lib64/libpthread.so.0(+0xf5d0) [0x2ae45010a5d0]
  /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2ae45064f4d7]
  unfchk() [0x436020]
  unfchk() [0x41cfd3]
  unfchk() [0x42bc2f]
  unfchk() [0x42d496]
  unfchk() [0x404752]
  unfchk() [0x403839]
  unfchk() [0x40379d]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2ae45063b3d5]
  unfchk(sched_setaffinity+0xb9) [0x4036a9]
./sobEDA.sh: 行 159:  3869 已放弃             unfchk promol.fch promol.chk > /dev/null
Generating Gaussian input file of promolecular state via Multiwfn (promol.gjf)
Running: g16 < promol.gjf &> promol.out
Error encountered, please check corresponding output file! Now script exits

根据sob老师提供的解决方案：在用户主目录下的.bashrc里加上比如export GAUSS_MEMDEF=20GB然后重新进入终端。
修改后第二次计算仍然出现计算chk和fch转换不成功，错误提示为：
Generating fch file of promolecular state via Multiwfn (promol.fch)
Running: unfchk promol.fch promol.chk
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 00000000008ceac8, rcx ffffffffffffffff
rdx 000000000002ebd7, rsp 00007ffe71e31478, rbp 00007ffe71e314d0
rsi 000000000000000b, rdi 000000000002ebd7, r8  00002b2962848e00
r9  00002b2962848e00, r10 00007ffe71e30ee0, r11 0000000000000206
r12 00007ffe71e31750, r13 00000000008ced21, r14 0000000000000003
r15 00007ffe71e32c98
  /lib64/libpthread.so.0(+0xf5d0) [0x2b2962a2a5d0]
  /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b2962f6f4d7]
  unfchk() [0x436020]
  unfchk() [0x41cfd3]
  unfchk() [0x42bc2f]
  unfchk() [0x42d496]
  unfchk() [0x404752]
  unfchk() [0x403839]
  unfchk() [0x40379d]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b2962f5b3d5]
  unfchk(sched_setaffinity+0xb9) [0x4036a9]
./sobEDA.sh: 行 159: 191447 已放弃             unfchk promol.fch promol.chk > /dev/null
Generating Gaussian input file of promolecular state via Multiwfn (promol.gjf)
Running: g16 < promol.gjf &> promol.out
Error encountered, please check corresponding output file! Now script exits

输出的promol.fch文件有轨道信息。看其他帖子sob老师回复可以手动用unfchk，得到chk文件是继续放到当前计算目录下然后重新计算还是其他什么操作。
还有个办法是现在的情况是需要继续增大内存重新进入终端吗？如果是继续增大内存，增大为多少合适呢？或者是还有其他解决办法？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-23 05:17
先按照下文的FAQ部分排查，避免存在其它可能的问题
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）

有多大空余物理内存GAUSS_MEMDEF就可以尝试设多大

尝试debug而自己unfchk的话，也放到当前目录

作者
Author: ZHUOHAO 时间: 2025-6-23 08:54

sobereva 发表于 2025-6-23 05:17
先按照下文的FAQ部分排查，避免存在其它可能的问题
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适 ...

好的，谢谢sob老师回复

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