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标题: 怎样在DNA水溶液体系里加入醋酸根离子 [打印本页]

作者
Author: yzl2008ll 时间: 2025-6-19 14:45
标题: 怎样在DNA水溶液体系里加入醋酸根离子
本帖最后由 yzl2008ll 于 2025-6-19 17:28 编辑

我是刚接触gmx不久的小白，最近在做核酸的分子动力徐模拟，遇到了体系里需要加入醋酸根离子，首先我用gaussian优化得到了醋酸根离子的pdb文件和mol2文件，然后用sobtop生成了醋酸根负离子的.itp、.gro、.top文件，并且用multiwfn计算出了醋酸根的RESP原子电荷，然后将RESP电荷复制到醋酸根的.itp文件里对应位置，我的体系里需要加入400个醋酸根离子，接下来我把醋酸根负离子的.itp文件引入到体系.top文件里，再使用insert-molecule命令想把醋酸根离子加入到体系，依旧无法实现，想请教有没有哪位老师能详细指导一下像这种力场文件里没有的离子怎么加入到体系当中。（我用的是AMBER14SB_parmbsc1力场，水模型是TIP3P）谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-19 17:19
那叫sobtop
不要用“依旧无法实现”这种含糊其辞的描述，说清楚你怎么做的、具体遇到了什么问题

作者
Author: yzl2008ll 时间: 2025-6-24 09:37

sobereva 发表于 2025-6-19 17:19
那叫sobtop
不要用“依旧无法实现”这种含糊其辞的描述，说清楚你怎么做的、具体遇到了什么问题

谢谢卢老师，不好意思我一开始拼错了软件名称，实属不应该，我是看了您的回复才确定思路没问题，应该是我在处理.top和.gro中的一些细节出了问题，然后通过gmx交互信息定位到了问题所在并且已经解决，谢谢您指导。

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