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标题: 请教，TiC周期性材料与壳聚糖一起模拟后轨迹显示壳聚糖不运动 [打印本页]

作者
Author: Eianghuan 时间: 2025-6-18 11:09
标题: 请教，TiC周期性材料与壳聚糖一起模拟后轨迹显示壳聚糖不运动
本帖最后由 Eianghuan 于 2025-6-18 11:19 编辑

请教各位老师，我分别依照Sobtop例5（产生聚合度为40的氯丁二烯聚合物的拓扑文件）和例11-懒人法（产生FeCl2二维材料的拓扑文件）为20个单元的壳聚糖（20CCS）和10*10*1的TiC超胞产生了itp和top文件，想要探究CCS能否结合在TiC表面
使用命令：gmx insert-molecules -ci 20CCS.gro -nmol 1 -f TiC_10x10x1.pdb -o TiC_CCS.gro 将CCS添加到TiC的盒子中
使用命令：mx solvate -cp TiC_CCS.gro -cs spc216.gro -o solv.gro -p topol.top 添加溶剂直到上限
经过充分的能量最小化和NVT、NPT平衡后进行md模拟，提取轨迹VMD观察发现体系内分子无运动，体系一直在振动，请问这个问题出在哪里，该如何修改？
下附npt后的能量图、轨迹动图以及md.mdp文件

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-19 07:02
rlist、rcoulomb、rvdw都严重小得离谱。没特殊情况都用1.0
当前体系明显应当半各向同性控压
热浴改成好得多的v-rescale。过时的Nose-Hoover如今没有任何使用理由
先单独跑聚合物的NPT动力学（用c-rescale压浴），确保没问题再说复合体系的事。若温度不够高导致动不起来，用更高的温度。

PS：我特别反感设置fourierspacing = 0.16，以讹传讹

作者
Author: Eianghuan 时间: 2025-6-19 09:54

sobereva 发表于 2025-6-19 07:02
rlist、rcoulomb、rvdw都严重小得离谱。没特殊情况都用1.0
当前体系明显应当半各向同性控压
热浴改成好得 ...

好的，谢谢Sob老师！感谢您的耐心回复，学习到了

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