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标题: gmx跑气液界面的md运行中途出现cuda error #700或者Segmentation fault [打印本页]

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Author: 古与春分 时间: 2025-6-13 15:24
标题: gmx跑气液界面的md运行中途出现cuda error #700或者Segmentation fault
本帖最后由古与春分于 2025-6-15 18:02 编辑

老师，我用gmx跑气液界面的分子动力学时，NVT系综下跑md一段时间出现cuda error #700或者Segmentation fault。然后我仔细检查了我每个分子结构的itp文件，top文件和体系gro文件，没有出现原子顺序、原子电荷和分子结构的错误，水模型是opc3.请问各位老师，上述出错是什么原因导致的，该怎么解决了。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-14 03:44
置顶的社员必读贴明确说了，诸如4.5MB的gro这样的很大的文本文件，必须压缩后再上传
计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识
http://sobereva.com/672（http://bbs.keinsci.com/thread-37881-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-14 03:46
交代清楚gromacs版本、运行的软硬件环境

如果Linux下用CPU跑仍有问题，按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8反复检查、反复尝试简化体系。

作者
Author: 爱喝茶 时间: 2025-6-14 09:12
很多具体报错当用GPU跑时都会报cuda error，这时用CPU跑能看到具体原因

作者
Author: reid 时间: 2025-6-14 23:43
我也碰到过，每次都是快结束的时候报cuda的错误，装了一下显卡最新驱动就解决了。

作者
Author: 古与春分 时间: 2025-6-15 18:14

sobereva 发表于 2025-6-14 03:44
置顶的社员必读贴明确说了，诸如4.5MB的gro这样的很大的文本文件，必须压缩后再上传
计算化学研究者应当了 ...

老师，文件已重新上传，gmx是2023.5，系统是rocky 9.4，nVidia驱动是550.120，cuda是12.3.2_545.23.08。
我试试cpu运行有没问题

作者
Author: 古与春分 时间: 2025-6-15 18:15

reid 发表于 2025-6-14 23:43
我也碰到过，每次都是快结束的时候报cuda的错误，装了一下显卡最新驱动就解决了。

好的，我试试

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