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标题: 阴/阳离子下分子的BDE输入文件设置请教 [打印本页]

作者
Author: 陈AG 时间: 2025-6-12 11:27
标题: 阴/阳离子下分子的BDE输入文件设置请教
本帖最后由陈AG 于 2025-6-12 11:32 编辑

各位老师好，我想计算这个分子绿色那根键的阴离子BDE，请问输入文件怎么设置呢，学生是这样想的。
①优化整个分子，输入为#p opt freq b3lyp def2tzvp EmpiricalDispersion=GD3BJ -1 1；
②取①优化后的结构，从绿色键断开，三嗪部分设置为#p opt freq b3lyp def2tzvp EmpiricalDispersion=GD3BJ -1 1；咔唑部分设置为#p opt freq b3lyp def2tzvp EmpiricalDispersion=GD3BJ 0，2。
请问各位老师，这样设置正确吗，离子是不是不用在高斯VIEW额外添加的，还有优化完之后需要做单点吗

作者
Author: shobuu 时间: 2025-6-13 00:27
本帖最后由 shobuu 于 2025-6-13 00:38 编辑

什么是阴离子BDE啊，是异裂吗？
我看这个贴子下面社长有回复，你可以参考
http://bbs.keinsci.com/thread-53999-1-3.html

作者
Author: gezq 时间: 2025-6-15 01:47
设置的没有问题，你做了opt和freq，会默认做单点能计算。最后用焓相减，就是键解离能BDE。当然不嫌麻烦的话，可以最后再用m062x/def2tzvp再做一次单点能计算，然后用B3的热校正加上m062x的焓，得到校正后的焓，最后再相减

作者
Author: 陈AG 时间: 2025-6-16 09:21
本帖最后由陈AG 于 2025-6-16 09:23 编辑

shobuu 发表于 2025-6-13 00:27
什么是阴离子BDE啊，是异裂吗？
我看这个贴子下面社长有回复，你可以参考
http://bbs.keinsci.com/thread ...

老师，我想计算像图C那样的中性，阴阳离子的BDE

作者
Author: 陈AG 时间: 2025-6-16 09:26

gezq 发表于 2025-6-15 01:47
设置的没有问题，你做了opt和freq，会默认做单点能计算。最后用焓相减，就是键解离能BDE。当然不嫌麻烦的话 ...

老师，我学习了卢老师的http://sobereva.com/119，里面说到“ 加弥散对改进结果有益，计算条件允许可以加弥散：
计算反应势垒（仅对于3-zeta及以下档次基组而言。对于def2-TZVP/def2-TZVPP，加弥散对势垒结果不会有明显改进）
优化阴离子体系或弱相互作用体系的结构、对其进行振动分析

如果体系只有部分原子带十分显著的负电荷或者其电子十分容易被极化，或者弱相互作用只涉及到体系中的一部分，限于计算能力没法给所有原子加弥散的话，那么只给这些区域的原子加上弥散函数就够了。”那我是不是可以给三嗪的三个氮原子和三个碳原子加弥散啊，设置如下：#p opt freq b3lyp def2tzvp  extrabasis EmpiricalDispersion=GD3BJ
22 24 26 0
S 6 1.00
  13575.3496820             0.22245814352E-03
2035.2333680             0.17232738252E-02
463.22562359          0.89255715314E-02
131.20019598          0.35727984502E-01
   42.853015891          0.11076259931
   15.584185766          0.24295627626
S 2 1.00
   6.2067138508          0.41440263448
   2.5764896527          0.23744968655
S 1 1.00
   0.57696339419       1.0000000
S 1 1.00
   0.22972831358       1.0000000
S 1 1.00
   0.95164440028E-01          1.0000000
S 1 1.00
   0.48475401370E-01          1.0000000
P 4 1.00
   34.697232244          0.53333657805E-02
   7.9582622826          0.35864109092E-01
   2.3780826883          0.14215873329
   0.81433208183       0.34270471845
P 1 1.00
   0.28887547253       1.0000000
P 1 1.00
   0.10056823671       1.0000000
D 1 1.00
   1.0970000000          1.0000000
D 1 1.00
   0.31800000000       1.0000000
D 1 1.00
   0.90985336424E-01          1.0000000
F 1 1.00
   0.76100000000       1.0000000
****
21 23 25 0
S 6 1.00
  19730.8006470             0.21887984991E-03
2957.8958745             0.16960708803E-02
673.22133595          0.87954603538E-02
190.68249494          0.35359382605E-01
   62.295441898          0.11095789217
   22.654161182          0.24982972552
S 2 1.00
   8.9791477428          0.40623896148
   3.6863002370          0.24338217176
S 1 1.00
   0.84660076805       1.0000000
S 1 1.00
   0.33647133771       1.0000000
S 1 1.00
   0.13647653675       1.0000000
S 1 1.00
   0.68441605847E-01          1.0000000
P 4 1.00
   49.200380510          0.55552416751E-02
   11.346790537          0.38052379723E-01
   3.4273972411          0.14953671029
   1.1785525134          0.34949305230
P 1 1.00
   0.41642204972       1.0000000
P 1 1.00
   0.14260826011       1.0000000
D 1 1.00
   1.6540000000          1.0000000
D 1 1.00
   0.46900000000       1.0000000
D 1 1.00
   0.12829642058       1.0000000
F 1 1.00
   1.0930000000          1.0000000
****

作者
Author: shobuu 时间: 2025-6-16 10:08

陈AG 发表于 2025-6-16 09:21
老师，我想计算像图C那样的中性，阴阳离子的BDE

从图中还是没能看明白阴阳离子BDE的定义，就是带多少电荷的什么片段的能量减去什么片段的？然后，带负电荷的我也不确定方法，还是继续参考卢老师的方法吧

作者
Author: gezq 时间: 2025-6-16 13:57

陈AG 发表于 2025-6-16 09:26
老师，我学习了卢老师的http://sobereva.com/119，里面说到“ 加弥散对改进结果有益，计算条件允许可以加 ...

没有必要加弥散，我以前试过了，def2-TZVP精度已经很高了，加弥散只会更精确一丢丢，在误差范围内

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