计算化学公社

标题: 电子密度差等值面被周期性边界截断怎么办 [打印本页]

作者
Author: luzujia 时间: 2025-6-9 15:26
标题: 电子密度差等值面被周期性边界截断怎么办
参照社长这个帖子http://bbs.keinsci.com/thread-28225-1-1.html做电荷密度差图，不同的地方在于我的盒子不是立方的，而是三斜的。发现CP2K输出的cube文件记录的晶胞参数与inp文件中定义的不一样。对cube文件做差后，发现电子密度差等值面被周期性边界截断了（如下图）。问题1：对三斜晶胞来说，CP2K输出的cube文件晶胞参数改变是正常的吗；问题2：密度差等值面被截断的情况如何处理？从哪方面入手？从CP2K计算的设置还是可视化程序的设置，还是只能进行格点数据编辑。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-9 18:48
三斜体系CP2K产生的cube文件照样是三斜的，和实际计算用的晶胞严格一致

计算前把体系用下文的功能恰当平移再用Multiwfn产生CP2K输入文件，使得感兴趣的等值面出现的区域在盒子中央附近
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

作者
Author: luzujia 时间: 2025-6-9 20:28

sobereva 发表于 2025-6-9 18:48
三斜体系CP2K产生的cube文件照样是三斜的，和实际计算用的晶胞严格一致

计算前把体系用下文的功能恰当平 ...

谢谢社长，我再试试。

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