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标题: 审稿人对GAFF力场二面角参数可靠性提出疑问 [打印本页]

作者
Author: 2421886719 时间: 2025-6-5 16:12
标题: 审稿人对GAFF力场二面角参数可靠性提出疑问
本帖最后由 2421886719 于 2025-6-5 16:15 编辑

各位老师好，
   我基于sobtop官网的例2（Sobtop）生成了有机小分子的itp文件，分子大概是这种的：
(, 下载次数 Times of downloads: 52)
   然后使用gromacs跑了MD，现在审稿人针对GAFF力场的二面角参数可靠性提出了疑问："When buildingforce field parameters, the author optimized some dihedral angles. To verifythe force field parameters' reliability, it's suggested to provide a comparison of critical dihedral angle DFT and GAFF parameters."
      请问这个critical dihedral angle是什么意思呀？还有这种比较具体应该怎么操作呀，怎么通过DFT计算得到这个critical dihedral angle呢？

作者
Author: pal 时间: 2025-6-5 16:32
这个看起来是gaff力场里面缺少了一些二面角参数，所以有些二面角参数是作者自己优化的，审稿人要求证明自己优化的二面角参数的合理性

作者
Author: 2421886719 时间: 2025-6-5 16:37

pal 发表于 2025-6-5 16:32
这个看起来是gaff力场里面缺少了一些二面角参数，所以有些二面角参数是作者自己优化的，审稿人要求证明自己 ...

老师您好，我是基于sobtop例二的方法生成的itp文件，缺失的二面角参数也是sobtop自动指认的，您的意思是我只需要针对缺失参数的二面角进行参数比较是吗

作者
Author: pal 时间: 2025-6-5 17:09

2421886719 发表于 2025-6-5 16:37
老师您好，我是基于sobtop例二的方法生成的itp文件，缺失的二面角参数也是sobtop自动指认的，您的意思是 ...

意见里面提到“the author optimized some dihedral angles”，是不是文章里有描述让审稿人觉得对一些参数进行了优化。

作者
Author: 2421886719 时间: 2025-6-5 17:44

pal 发表于 2025-6-5 17:09
意见里面提到“the author optimized some dihedral angles”，是不是文章里有描述让审稿人觉得对一些参 ...

嘶，因为文章里的MD不是重点，所以正文只用了三句话对MD的结果进行了分析，正文和SI甚至没有出现 dihedral angles这两个单词，不知道审稿人为什么这么说

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-6 00:36

2421886719 发表于 2025-6-5 16:37
老师您好，我是基于sobtop例二的方法生成的itp文件，缺失的二面角参数也是sobtop自动指认的，您的意思是 ...

弄清楚缺的是什么二面角
如果是关键的二面角参数（显著影响整体构象的），不能随便凑合，该自己拟合自己拟合。

作者
Author: 风起~ 时间: 2025-6-6 10:49
看ztop 专门有这个的
你这个没算二面角参数指定不行

作者
Author: 2421886719 时间: 2025-6-11 10:54

sobereva 发表于 2025-6-6 00:36
弄清楚缺的是什么二面角
如果是关键的二面角参数（显著影响整体构象的），不能随便凑合，该自己拟合自己 ...

好的，感谢Sob老师

作者
Author: 2421886719 时间: 2025-6-11 10:55

风起~ 发表于 2025-6-6 10:49
看ztop 专门有这个的
你这个没算二面角参数指定不行

谢谢老师！

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